祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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UCSC Genome Browser 本地化 出现乱码

出现乱码一般都是因为编码问题,先查看系统的编码方式,以及运行的server的默认编码方式,还有是否需要强制转换编码方式,你给的信息实在是太少了

回答于 2017-06-12 13:36

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简易TCGA下载工具V8版升级简要说明,请问哪里下载?

百度网盘链接:http://pan.baidu.com/s/1bpEOlrx 也可以加QQ群获取:93515668

回答于 2017-06-12 13:28

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TCGA简易下载工具下载下来的CNV文件的sample名称该如何解读?

使用V8版本,看这里: https://www.shengxin.ren/article/95

回答于 2017-06-10 19:42

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请问如何用TCGA简易下载工具下载有脑转移病人的数据(小白问)?

在临床病理资料中有转移这一列,其中就会标记出转移到哪个器官,需要自己根据临床病理资料进行整理 PS:你需要这个https://www.shengxin.ren/article/96

回答于 2017-06-09 18:51

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CNV数据合并出错

CNV文件是已经整合好的矩阵,不需要合并,不知道你合并的是哪些文件

回答于 2017-06-07 17:50

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vsearch如何下载安装和使用,与usearch在脚本中的用法是否有较大...

vsearch初衷就是来解决usearch的64bit问题,两者的用法上几乎一致,结果格式上也类似,具体请看官方文档

回答于 2017-06-07 17:49

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如何进行肿瘤组织与正常组织的数据比较?

1、首先拿到基因的肿瘤组织和正常组织的表达数据 2、不考虑内参:分别取平均之后做商,或者取中位数之后作比较 3、考虑内参:分别先跟内参基因做商之后再取中位数或者均值再比较 4、差异检验:T检验,秩和检验都可以

回答于 2017-06-05 10:37

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通过TCGA简易下载软件下载的RNA数据合并并且转换之后还需要再进...

第一:TCGA简易下载软件下载的RNA数据合并并且转换之后并未做log处理,后续分析你自己视情况而定 第二:拿到的数据是没有与正常组织比较过的

回答于 2017-06-04 19:16

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基因高低表达怎么定义?

你这里指的基因的高低表达是相对的,常见的处理有三种方式: 按照基因在各个样本中的表达水平进行从低到高排序 1、按照表达中位数进行对样本划分成高低两组 2、按照四分位数进行对样本划分成两组,下四分位为低表达组,上四分位为高表达组 3、按照基因表达的均值对样本进行划分,这里要注意数据标准化,去离群值等

回答于 2017-06-04 16:04

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在文章里看到metagenes 是什么意思。

Aggregate patterns of gene expression

回答于 2017-06-01 08:41