祝让飞的回答

祝让飞 - 生物信息工程师生信一期

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TCGA中某个单独的分子做差异分析，可以用T检验吗

可以的，用FPKM

回答于 2018-12-23 20:43

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祝老师，我用便捷ID转换工具提取转录组的miRNA矩阵，结果显示转...

TCGA miRNA的需要下载miRNA的数据，下载RNASeq的数据不行的

回答于 2018-12-17 11:19

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tdROC包做出的结果中怎么显示不出AUC的置信区间和sd值啊？而且结...

两个包结果差不多的，tdROC用了随机，所以才有置信区间和sd。而survivalROC无法输出置信区间的

回答于 2018-12-17 10:38

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WGCNA分析前的数据处理已采纳

WGCNA是根据相关系数来计算的，所以理论上跟数值区间关系不大

回答于 2018-12-11 14:36

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GSEA分析

检查一下你那个基因是不是大部分表达水平都是0

回答于 2018-12-11 14:25

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祝老师，您好，我想再请问一下，表示患者随访结束后最终生存状态...

前面几列A 开头的都是我们自己整理的数据，vital_status是TCGA整理的，用哪个都行，但是时间和死亡状态要一致，比如用A2_Event；那么时间也要用A的那个

回答于 2018-12-11 14:13

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无fast格式的探针文件（GPL18109）如何利用Seqmap序列比对工具...

把首行表头删掉即可

回答于 2018-12-11 10:48

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请问一下tcga怎么提取circRNA数据

无法提取circRNA

回答于 2018-12-10 17:51

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tcga临床信息可以进行最长无进展期分析么

可以的，在临床随访信息中提取无进展生存时间

回答于 2018-12-10 17:51

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DEcenter 做配对分析都是按照顺序自动匹配的吗？

是的，按照顺序匹配就行

回答于 2018-12-10 17:50

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WGCNA分析前的数据处理 已采纳

WGCNA分析前的数据处理已采纳