祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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请问您GPL5175的基因名转换的方法找到了吗?能否教一下

有两种方式呢,一种是重注释,一种是手动从注释信息里提取

回答于 2019-01-10 19:24

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TCGA复发

有些肿瘤没有复发信息,你可以搜索 复发这个单词 有的话就会有

回答于 2019-01-10 19:19

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GEO2R分析得出的数据,只有GB ACC,请问如何得到gene symbol

可以使用DAVID进行转换

回答于 2019-01-10 19:18

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批量生存分析结果存在疑惑

HR的置信区间一般不会小于0的呢

回答于 2019-01-10 19:17

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请问TCGA的泛癌症数据集如何下载

在UCSC 癌症浏览器里有:https://xenabrowser.net/datapages/

回答于 2019-01-10 19:16

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TCGA简易工具下载的目标mirna表达量均接近零

此时 说明你研究的那个miRNA表达丰度过低,可能测序的结果都不一定准确,你可以选择表达丰度相对较高的miRNA研究

回答于 2018-12-23 20:53

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如何打开过大的txt文件,下载了TCGA的甲基化数据,合并后文档大...

此时 工具盒中有一个 简易矩阵操作工具可以帮助你从大矩阵中提取你想要的信息

回答于 2018-12-23 20:52

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一件WGCNA模块打开显示“该软件需装R才能使用”

在软件 升级界面中配置一下 R路径 就可以了; Tips:使用内置的R和Java,问题会少一些

回答于 2018-12-23 20:51

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新版TCGA下载工具怎么提取临床信息呢

左侧双击你的要研究的肿瘤,选择临床信息,然后进一步下载临床信息,然后点击合并文件即可提取临床信息了

回答于 2018-12-23 20:50

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祝老师您好,想请教下用筛选到的所有差异基因做WGCNA计算TOM,总...

数据的筛选逻辑是:如果你的基因在各个样本中变化都不大,那么这样的基因可能是管家基因之类的,与肿瘤的发展可能关系也不大,所以这样的基因可以不纳入我们的分析中,以免带来不必要的误差,基于此,前N个怎么选,看你怎么说服自己了,没有金标准说明 变化最大的多少个才是与肿瘤相关的,so~你开心就行

回答于 2018-12-23 20:47