祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期
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A1_OS这个变量是随访时间，TCGA项目是2005年开始的，这个项目一...

有些样本是以前的，05年只是立项，并不是开始收集样本

回答于 2018-11-30 19:40

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老师，您好，我想再请问一下，tcga的临床资料中，表示患者随访结...

Alive 表示 到随访时还活着 Dead 表示死亡了

回答于 2018-11-30 19:36

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edgeR找差异基因运行出的火山图，热图看不懂啊，求大神指点。

你是怎么看不懂呢，火山图倒置了一下 热图么 还是热图啊

回答于 2018-11-30 19:35

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p小于0.05，但95%CI 是否过宽？

这个跟你的这个基因的表达值的一个分部区间有关系，比如大部分接近0，少部分值有特别大之类的就会出现置信区间很宽

回答于 2018-11-26 17:39

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关于TCGA简易下载工具v14下载数据的问题

新版更新之后操作确实有些不同，主要在于下载后的数据合并上，新版V14的直接先合并就好

回答于 2018-11-21 10:25

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GSE4204 为什么用GEO转换器导不出数据，只有样本信息的，谢谢？

有可能是你的内存不够，该数据集有五百多个样本，数据量大

回答于 2018-11-21 10:23

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ID转换器

如果是TCGA的话 背景是内置的，使用的是genecode.v22.gtf文件进行的注释和转换 如果自己整理的背景的话，你自己描述就好

回答于 2018-11-21 10:23

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python实现简单BLAST功能

你先需要了解一下短序列比对算法，然后再理解blast的算法思想，然后再根据算法思想去用代码实现。 或者你直接用python调用blast程序运行比对。这是一个捷径

回答于 2018-11-21 10:06

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用Rstudio下载GEO数据，出现could not find function "getGEO"怎...

再运行一下这个命令： library(GEOquery)

回答于 2018-11-21 10:03

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两种TCGA数据 RNAseq - HTSeq（Counts）和RNAseq - IlluminaHiSe...

UCSC上的数据是经过处理的，而TCGA上的是最原始的。 60,484行，每一行似乎是一个ENSG基因编码：这是60484个转录本，UCSC上的两万来个是编码基因的表达谱，是从这60484个转录本里面提取出来的子集。 RSEM处理过的数据：这是TCGA老版本使用的RNASeq数据的定量方法，这里的数据也是来源于老版本的，新版TCGA统一使用Counts、...

回答于 2018-11-21 10:02