祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期
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TCGA数据库如何下载circularRNA的数据

TCGA 上没有ciroRNA的数据，故不支持下载

回答于 2018-06-06 13:08

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DEcenter运行老报错

这种错误一般是因为输入的数据有问题导致的，你检查一下你的数据格式，行是不是有重名了

回答于 2018-06-06 13:07

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GEO芯片数据中，从同一平台上下载几个不同芯片，这其中包含的多...

可以的，同一个平台的可以合并，当然如果严谨一点的话可以分批处理 然后去一下批次效应

回答于 2018-06-04 22:22

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java虚拟机

使用SangeBox时是需要安装java虚拟机的，里面大部分插件是基于java和R的，如果没有安装可以在 升级 界面中 一键安装

回答于 2018-06-04 22:21

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TCGA 甲基化数据大小问题

TCGA 官网的甲基化文件每个样本单独保存一个文件的，里面有每个cpg位点的注释信息，也就是在基因组上的位置，附近的基因等等这些信息，而firehose上把这些信息都去掉了然后再合并再一块的所以比较小

回答于 2018-06-04 22:19

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cBioportal中的mRNA Expression z-Scores如何理解？

首先 z-score 就是z变换，变换完了之后均值为0的，值越小表示越下调（相对于其他基因），值越大越上调，都是相对的

回答于 2018-06-04 22:18

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gpl5175 注释文件没有gene symbol，怎么该怎么用

你这是外显子芯片，可以看看有没有gb_acc，如果有gb_acc的话也可以的，一般没有注释的话，官网基本上也没有注释的

回答于 2018-06-04 22:08

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GSEA的分析一直报错，可以有gct和cls的文件出来，但是文件夹是空...

你把你的盒子的目录和保存的目录 截个图看看 还是有横杠

回答于 2018-06-03 14:44

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TCGA简易下载工具下载好数据还未合并就关了

可以重新打开点击合并，也可以重新下载，选择的目录和之前的一样的话，会自动识别已下载的跳过的

回答于 2018-06-03 14:43

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GEO便捷转换器为什么点击启动软件后没有反应？

在升级页面上截个图看看，有没有安装java

回答于 2018-06-03 14:42