祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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ENSG_ID全部带有小数 例:ENSG00000242268.2 是把小数点连同小数...

小数点后面的可以去掉,这样才能在各个数据库中被识别

回答于 2018-05-28 14:44

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怎样知道目的基因在研究组织中是高表达,还是低表达。

这个你得去看图例,上面会有相关的描述

回答于 2018-05-27 16:36

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差异表达基因作图,请问如何做出上面图片的效果,自己做完是下面...

这种图的原理: 1、画箱线图,确定每组样本的X轴坐标 2、在样本的X轴坐标的基础上 开始生成 散点图,步骤如下 一、每个样本的表达水平对应的Y轴坐标不变 二、每组中样本的X轴坐标由第一步的X轴坐标加上一个随机数,这个随机数在某个区间内浮动这样就有了箱线图上密密麻麻的点了 回到问题本身,你的图和文章的图其实是...

回答于 2018-05-27 12:04

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请问在哪里下载GEO芯片数据转工换器?64位的

在新版工具盒里 已经有32bit的芯片转换器了,如:

回答于 2018-05-26 21:39

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生信小工具中的批量生存分析的KM结果与SPSS的KM结果相差很大

这两张图里样本数目一致,但是生存曲线一个呈现交叉,一个未交叉,这结果就相差很大了,在生存时间上肯定哪里不一致,导入SPSS的生存数据里面最大的时间是多少,还有最小的时间又是多少对比看看

回答于 2018-05-26 21:38

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批量生存分析工具分析出来差异很明显,KM曲线差异也很明显,但在...

在软件预处理充有几个小细节,生存时间是否 删掉 一些随访时间短的,还有随访时间特别长的,这些都会对结果产生影响,建议使用软件预处理导出后的数据再丢进SPSS,可以对比下看看

回答于 2018-05-25 15:19

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生信人下载mRAN表达值是整数,cbioptotal下载的有三位小数,生信...

cbioptotal是处理后的rsem数据,你用TCGA简易下载工具下载的有三种 count,fpkm,fpkm-uq,没有谁更好,就看你怎么处理

回答于 2018-05-25 15:17

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在GEO中下载matrix那个文件,经GPL注释修改后的矩阵数据与使用该...

你的这个ID是被Excel自动转换后的日期(1-Mar  和2-Mar) ,无法还原你原来的ID,你用置入的方式打开这个文件,再检查一下是否是这样的,理论上来说不会出现重复的ID,基本的逻辑是这样的 1、一个探针对应的是一个基因的话,保留表达水平,将探针换成基因 2、多个探针对应一个基因的话,表达水平根据这几个探针的表达水平...

回答于 2018-05-22 13:46

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IndexError: list index out of range如何解决

这个如果是你自己的程序的话 很明显是 索引溢出了,如果是别人的程序的话建议你检查一下输入数据格式

回答于 2018-05-21 20:20

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批量生存分析工具部分数据无法分析,求原因

有些基因的表达值存在离群值,建议做一下标准化再跑会好很多

回答于 2018-05-21 15:43