祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

性别: 浙江 - 杭州 注册于 2017-03-25

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1139 个回答

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用DE-centerV4 edgr 分析TCGA数据 快三个小时,没结果也不显示失...

应该是数据量太大内存不足

回答于 2017-11-10 14:25

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DEG center能否分析自己的数据,不用先按照GEO芯片数据转换器处...

可以的,自己讲数据分好组导入即可

回答于 2017-11-10 11:47

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关于TCGA下载工具里的ENSG-ID转换,请问只能自己一个个的选中转...

可以批量转啊,怎么会一个个选中呢,你应该是理解错了

回答于 2017-11-09 21:46

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DECenter

你这个样本较多比较慢的 你需要等一段时间,一般可能需要几个小时 把红线框中的命令复制到cmd里面去运行看看,等待其运行完

回答于 2017-11-09 11:01

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请问,通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling...

建议标准化后使用limma

回答于 2017-11-09 10:45

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用DEG center 或者用R语言的limma包进行差异分析,将FDR设置为0....

有些数据因为本身差异较小,所以检验结果中p值普遍都比较大,然后再加上多重检验矫正(FDR)p值就更大了,遇到这种情况你可以其看一下p值大概都在什么样的水平,如果实在要用这个数据的话可以卡p值,不用FDR.

回答于 2017-11-09 09:19

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jupyter noteboke说没浏览器打不开是怎么回事???

把这个链接复制到浏览器中 打开看看:

回答于 2017-11-09 09:18

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用mirna做生存分析 如何确定具体是哪个mirna

没有理解你的问题哈,你的这个数据中miRNA都是前体miRNA,存在多个是正常的,你可以将多个前体miRNA取表达中位数

回答于 2017-11-09 09:16

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用Bioconductor中的stringDB包做PPI分析,结果中没有degree值,P...

你确定你的物种string里面有吗

回答于 2017-11-09 09:12

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请教使用批量生存工具做生存分析提示没有匹配到样本信息。

你看一下你的表达矩阵第一行和你的样本信息第一列是否能够匹配的上,我猜测你的表达矩阵第一行样本都不是-01结尾的

回答于 2017-11-09 09:11