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TCGA简易下载工具下载的RNA-seq counts在用edgeR分析差异基因的时候需要先把数据log2处理吗

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TCGA的miRNA数据，癌375个样本，癌旁50个样本，用limma做分析可以吗，会不会编辑要求必须要配对样本

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用生信人工具做出来的火山图怪怪的

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  • salt 2019-01-28 14:17

TCGA有卵巢正常或者良性疾病样本吗

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你好，用贵公众号的 简易TCGA下载工具 下载临床数据，合并后格式好像不对，还需要怎么处理？跪求帮助

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3 怎样把两个Merge_matrix.txt文件合并为一个

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TCGA简易下载工具下载下来的CNV文件的sample名称该如何解读？

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DEC和简易GSEA运行出错

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GSEA运行出错，如图。

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DECENTER运行出错的问题

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3 用read.ilmn分析GEO数据集时，在GEO数据页面里哪个文件为probe profile，哪个文件为control probe profile？

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请问一下tcga怎么提取circRNA数据

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火山图绘制工具一直登录不上

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GEO数据的CDF文件下载不了

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我想咨询一下关于TCGA上CNV数据一些问题。我找的是breast的样本，但是我想通过breast的癌症级别对样本进行分类。我用了tumor stage作为分类标准，目前下载的样本有120多个，分了十几个tumor stage，有的tumor stage里的样本数才两个，想着不同tumor stage之间有没有可以合并的。不知道我整体的做法是否正确，求大神们助攻，谢谢!

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  • bigcoral 生信一期 2017-06-08 17:41

3 请问如何用TCGA简易下载工具下载有脑转移病人的数据（小白问）？

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GEO便捷转换器错误

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3 sangerbox里GEO转换工具上传xml文件后报错

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经GEO芯片转化器后，很多基因名有斜杆，这个怎么处理？

3 回答

GEO便捷转换器为什么点击启动软件后没有反应？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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