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TCGA RNASeq数据归一化FPKM数据可否使用Z-Score归一化

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用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果做生存分析呢？

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  • Meng 2018-12-20 09:28

如何打开过大的txt文件，下载了TCGA的甲基化数据，合并后文档大于3G，无法用excel打开~请教用R语言提取其中个别基因的甲基化信息，感谢！

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TCGA简易下载工具v14中的甲基化数据和CNV数据下载后，都是转化好的基因水平的矩阵吗

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3 使用silva123数据库 qiime 1.7.0分析，filter_alignment.py 的-e -g如何设置

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TCGA简易下载工具得到TCGA_LIHC_Merge数据可以直接用来做GSEA分析吗？还是需要转化为TPM呢？谢谢！

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什么是adaptor sequences and quality trimmed reads ？

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GEO2R产生的差异序列，下载excel表格后，如何做热图？

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下载TCGA的mRNA数据，里面很多数值是什么

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求Alrequin软件进行AMOVA分析的详细介绍

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热图下面的min和max是什么意思啊？

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3 limma包进行探针注释时GPL570_HG-U133_Plus_2_201410030.txt文件不知道去哪下

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  • mz 2018-04-27 19:54

tcga RNA-Seq数据为RPKM，不是FPKM，可以用RPKM算生存期，差异表达吗

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GSEA结果解读遇到问题，求解答，谢谢！

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WGCNA分析， 基因表达文件中，有2万个基因，如何进行选取？是根据方差？还是选取差异表达的基因做WGCNA?

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请教16S高通量测序结果分析流程

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GPL570同一个平台下，准备分析9套数据，是否可以RAW原始数据合并？

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如何将ID_REF转化成symbol

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mega做功能基因进化树分支概率低

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15 TCGA临床信息中的grade分期如何获得？

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