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10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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RNA-Seq数据进行ID转化，许多基因转不出来，用以前的版本是可以做出来的，是版本的问题还是矩阵处理有问题

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如何从OMIM数据库下载disease和gene关系

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使用BWA，如何计算unique mapping reads

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老师请问，TCGA中食管癌数据食管鳞癌代码是什么，腺癌是什么，谢谢啦

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老师，您好，tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的，得到24000左右的基因然后分析投稿被修回；试用新版的取蛋白编码基因只得到19000多。旧版的可以使用吗？差了几千个基因差别是在哪里呢？

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3 老师你好！我想用tcga mRNA数据估算肿瘤微环境中细胞相对含量，比如通过CIBERSORT、MCPcounter等工具进行转换，输入矩阵用counts，FPKM还是TPM数据啊？

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选择原文一样的条件，做不出DEG

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R中画出来的M-A图如何加上p-value曲线？

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  • zero 2018-09-12 09:26

wgcna分析tcga的数据，好多基因表达为0，可以删除这些基因吗？怎么删除？谢谢！

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Sangerbox小工具打不开

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请教基因突变热点图绘制

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请教突变基因热点图绘制

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GSEA运行出错

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R语言打开时出现unable to initialize the JIT

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问题

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请问老师，这是Firehose上的截图，miRNA和miRNAseq,mRNA和mRNAseq的区别是什么呢

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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