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WGCNA在选择软阈值时出现这个问题是什么错误，该怎么解决？

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您好，我现在想用DEcenter软件做差异基因分析，请问您有软件下载地址或者安装包吗？

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sangerBox 里没有TCGA ID转换呢，如何将TCGA获得的数据ID转换gene symbol?

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3 用TCGA小工具下载mRNA-seq表达数据，需要做批量生存分析和WGCNA,我看范例文章内都是下的FPKM,但我下载了FPKM数据，后期我又要做表达差异，需要用（DEseq）edgeR语言分析，又需要count数据，难道我还要再下载一次count数据吗？可以直接用DEseq工具分析FPKM数据吗？

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想问下盒子里做完批量生存之后选取一个基因想做生存的图，想问下哪个软件可以？

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您好，非常感谢您回答我提出的关于使用哪种RNA数据进行分析更好的问题，我想再请教一下：如果我进行癌和癌旁差异性基因的分析，那应该是用哪种数据合适呢？是cbioptotal处理后的rsem数据还是用TCGA简易下载工具下载的三种（ count，fpkm，fpkm-uq）中的哪种呢？

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SangerBox下载数据，检索的时候，一直连不上呀。一直是在检索中，没有其他的任何反应（电脑联网了）

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GEO转换工具适用问题

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GEO芯片数据转换器 无法登陆

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GEO芯片数据转换器导出的样本信息没有分组，数据信息也没有提到分组，该如何做差异分析呢？

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  • qqqq 2018-07-12 09:22

原始数据标准化以后做的DEG跟原始数据直接做的DEG不一样，做标准化的意义是什么？

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为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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下载了几个GEO的数据集，都无法筛选出P小于0.05的差异基因，可把条件改成P小于0.1么？

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GEO下载的数据，分析得出的结果为什么和其他实验结果相反呢？本应该上调的基因却显示下调，是因为数据选得不好吗？

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  • qqqq 2018-07-11 11:25

各位大神，低甲基化和高甲基化应该看哪个指标啊，看logfc的符号还是看deltaβ的符号

2 回答
  • qqqq 2018-07-11 11:24

各位大神，低甲基化和高甲基化应该看哪个指标啊，看logfc的符号还是看deltaβ的符号

1 回答
  • qqqq 2018-07-11 11:23

老师您好，麻烦问一下，GEO转换器导出样本信息只显示成功，没有具体表格存放目录，不知道保存到哪里了，谢谢您了

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TCGA下载工具下载临床数据的Biotab数据是什么？

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TCGA下载工具怎么没有下载临床信息的功能了

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为什么用cytoscape做出来的KEGG通路与DAVID在线分析的KEGG通路结果不一样？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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