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文献解读(7)肺ADC中的空间甲基化异质性

肺腺癌(ADC)是肺癌中最普遍的亚型,占所有病例的46%以上。在分子层面上,ADC的特征是具有复杂的基因组格局。最近的研究集中在深入了解基因组和表观基因组改变的后果以及肿瘤异质性在治疗反应和治疗抵抗中的作用。...

文献解读(1)What?这篇文章为预测预后和发现抗转移药物提供了帮助?

肾癌是泌尿系统常见的恶性肿瘤,多起源于肾小管上皮细胞,近年来其发病率在世界范围内呈上升趋势。根据最近的癌症统计报告,美国每年新增的确诊病例已达65,000例,其导致每年约15,000人死亡。透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是最...

文章分享(五)这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路?

    端粒(Telomere)是存在于真核细胞线状染色体末端的一小段DNA-蛋白质复合体,它与端粒结合蛋白一起构成了特殊的"帽子"结构[1]。端粒有在保护染色体末端中起重要作用并防止它们被识别为DNA损伤部位[2],端粒的变短可能导致...

文献解读(4)m6A修饰可能和AML疾病的发生发展相关?TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系?m6A对生存有影响?m6A修饰发生基因组学上可以改变相关的临床特征?

近两年,科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A,m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1],m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。目前,研究人员已经发现了m6A修饰过程中所需要有用到的酶:包括...

生信文献解读(2)What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差,可移植性差的问题得到解决了?

癌症作为一种复杂疾病,是多基因异常情况下,最终导致通路的失调,进而机体异常[1]。对预后相关基因的识别不仅可以提高对预后的判断能力,而且可以更好地理解癌症发生的潜在机制。同时,通过生物学通路去探索癌症发生...

文献解析(7)胶质瘤MR预测IDH

胶质瘤是常见的中枢神经系统(CNS)浸润性肿瘤,影响所有年龄的患者。它们被世界卫生组织细分为四个等级(I-IV级)。所有低级别胶质瘤(WHO II级和III级,LGGs)患者中超过半数最终将经历肿瘤复发。III级胶质瘤的5年生存率为27.3% - 52.2...

多种生信套路组合——发4分的文章

Systematic construction and validation of an immune prognostic model for lung adenocarcinoma 构建与验证免疫相关的预后模型来预测肺腺癌患者的预后 发表期刊:J Cell Mol Med 发表日期:2020 Jan 24 影响因子:4.65 DOI:10.1111/jcmm.14719 一.     流程图 ...

文献分享(9)m6A调控子在33种癌症类型中的分子特征和临床相关性

研究表明,N 6腺苷(m6 A)的甲基化在多种生物学过程中起着关键的作用。然而,关于m6A调节因子在不同癌症类型中的分子特征以及调控机制是未知的。那么今天小编为大家带来的这篇文章就系统地分析了在33种癌症类型中m6...

文献解析(8)这篇文章为研究癌症干细胞特性相关基因提供了一个很好的思路,一起来看看把!

膀胱癌是指发生在膀胱黏膜上的恶性肿瘤。是泌尿系统最常见的恶性肿瘤,每年约有150,000的死亡病例数。近年来,膀胱癌中未分化细胞群体的干细胞样特性已被确定为影响该病复发和进一步恶化的主要因素[1]。当前,我们还不...

从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能(第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理)

2017年8月5日至6日,中国哈尔滨召开的第十三届国际生物信息学研讨会报告。 关键词:生物信息学,非编码RNA,RNA编辑,染色体结构,转座因子,癌症基因组 简介:本次报告主要内容——基因组和转录组的新功能特征,三维基因...

文献解读(4)预测前列腺癌患者预后的新型分层框架

无监督学习方法通常用于分析基因组平台数据。然而这些方法忽略了前列腺样本中的大量的异质成分。那么这篇文章的研究的目的就是使用更复杂的分析方法对前列腺癌转录组数据的结构进行反卷积,为该疾病提供新颖的临床...

文献解读(9) What ? 为预测胶质母细胞瘤的预后提供新的标志物?

表达谱的多因素分析是判断包括脑癌在内的多种疾病预后的有效指标。世界卫生组织(WHO)根据恶性肿瘤和总生存率(OS)将胶质瘤分为四类。而胶质母细胞瘤是生长迅速的星形细胞瘤中最恶性的一种(4级胶质瘤)。胶质母细胞瘤的...

文献解读(8)CPC特有的DNAm标记的整合可保护一些年轻患者免于由不同原因造成的破坏性和永久性神经系统的损害

标题:DNA methylation signature is prognostic of choroid plexus tumor aggressiveness 杂志:Clinical Epigenetics    IF:5.496     日期:2019.8.13 脉络神经丛肿瘤(CPT)的组织学分级仍然是区分侵袭性脉络神经丛癌(CPC)和较良性脉络神经丛乳头...

生信文章解析(第一篇)在乳腺癌中,MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关?

免疫治疗作为一种新的癌症治疗方法,已经被用于几种癌症的临床治疗。但是,免疫治疗对乳腺癌的治疗有限。由于缺乏对免疫反应基因组特征的认知,这导致无法开发一种新的、有效的治疗乳腺癌的方式。在此,为大家介绍一...

生信宝典文章集锦

http://blog.genesino.com/ 生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序...