文献解读（1）用免疫风险评分预测黑色素瘤转移的风险

... 03 — 材料与方法 1.数据来源 ----------- 训练集：TCGA 470个样本（103个原发肿瘤样本+367转移肿瘤样本）， 内部验证集：470名TCGA患者中有110名患者（65名原发肿瘤+45名转移肿瘤），这些患者是初次诊断为诊断为黑色素瘤的患...

差异基因分析

...异非常大，甚至几百倍；    2.cBioportal的数据是来源于TCGA，而TCGA的数据是有经过RPKM处理的，所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次，即RSEM；    3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析，选择哪一种函...

解决 祝老师您好，使用 TCGA简易下载工具的 ENSG_ID转换功能自动成Merge_matrix.txt.cv 和 Merge_matrix.txt.cv.lnc ，能否理解为一个mRNA文件和一个LNC文件？但打开Merge_matrix.txt.cv 文件发现有如上面截图的基因，不太清楚还想请教一下

解决 您好，非常感谢您回答我提出的关于使用哪种RNA数据进行分析更好的问题，我想再请教一下：如果我进行癌和癌旁差异性基因的分析，那应该是用哪种数据合适呢？是cbioptotal处理后的rsem数据还是用TCGA简易下载工具下载的三种（ count，fpkm，fpkm-uq）中的哪种呢？

怎么验证COX预后模型

请问怎么验证COX预后模型？ 比如在TCGA建立的预后模型，怎么在GEO验证？  是重新在GEO做多因素，计算risk score？  我的疑问是，我的预后模型公式是risk score=∑xi* βi(xi 是基因表达and βi 是coefficient).：比如，在TCGA 从单因素分...

解决 用TCGA小工具下载mRNA-seq表达数据，需要做批量生存分析和WGCNA,我看范例文章内都是下的FPKM,但我下载了FPKM数据，后期我又要做表达差异，需要用（DEseq）edgeR语言分析，又需要count数据，难道我还要再下载一次count数据吗？可以直接用DEseq工具分析FPKM数据吗？

同时批量生存分析和WGCNA用mRNA-seq中FPKM,后期差异分析又要用count数据，要同时下载FPKM和count数据吗？

解决 TCGAbiolinks报错求助

在学用TCGAbiolinks下载TCGA GDC portal的数据   代码如下 library(TCGAbiolinks) library(stringr)  query = GDCquery(project = "TCGA-HNSC", legacy = FALSE,                      experimental.strategy = "RNA-Seq",                      data.category = "Transcriptome ...

收费

TCGA数据下载，利用sangerbox，注册后收费多少

2020年5+生信文章什么样？

...。每个单元的颜色表示相关程度。 figure 4.通过GSE62452和TCGA的单变量Cox分析确定的76个预后DEG的HR的森林图。 前三列分别显示基因名称， p值以及HR和95％CI。在森林图中，保护关联显示为绿色，危险因素显示为红色。 （虽然涉...

解决 祝老师您好，我下载的TCGA中的乳腺癌数据，其中A2_Event和vital_status不一致，而且A1_OS和days_to_last_followup的数据不一致，但是和follow_ups.follow_up.days_to_last_followup的一致，我做生存分析时应该生存时间和生存状态应该怎么看呢？

解决 我想咨询一下关于TCGA上CNV数据一些问题。我找的是breast的样本，但是我想通过breast的癌症级别对样本进行分类。我用了tumor stage作为分类标准，目前下载的样本有120多个，分了十几个tumor stage，有的tumor stage里的样本数才两个，想着不同tumor stage之间有没有可以合并的。不知道我整体的做法是否正确，求大神们助攻，谢谢!

RNA-Seq差异基因分析

...异非常大，甚至几百倍；    2.cBioportal的数据是来源于TCGA，而TCGA的数据是有经过RPKM处理的，所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次，即RSEM；    3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析，选择哪一种函...

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

...ww.stat.wisc.edu/~yandell/statgen/ucla/WGCNA/wgcna.html 下面我将根据TCGA乳腺癌基因表达数据以及乳腺癌压型数据，一步一步的使用WGCNA来进行乳腺癌各个亚型共表达模块的挖掘 #############数据准备############# 首先我们需要下载TCGA 的乳腺癌...

生信文章解析（第六篇）揭示MuBC的分子结构

...了来自国际癌症基因组联盟（ICGC）和癌症基因组图谱（TCGA）的两个独立数据集。分析数据包括基因组数据（n = 26 MuBC，n = 535雌激素受体[ER]阳性/ HER2阴性IDC），甲基化数据（n = 28 MuBC，n = 529 ER阳性/ HER2阴性IDC）和转录组数据（n=2...

关于ENSG_ID转换成基因名称的问题。

我是用"TCGAbiolinks"这个包在TCGA数据下载的RNA-Seq数据，类型是HTSeq - FPKM，代码如下： projectid<-"TCGA-UVM"query.count<-GDCquery(project = projectid,data.category = "Transcriptome Profiling",data.type="Gene Expression Quantification",workflow.type="HTSeq - FPKM") GDCd...