将TCGA上下载的基因数据整理后得到A基因的P值＜0.05，logFC大于2，通过查阅文献发现A基因与肿瘤的生存预后相关。但将原始数据导入批量生存分析软件，运行后得出的基因生存数据中却不含A基因，请问这是什么原因，请求大神指...
已经通过TCGA小工具下载了AML的数据，但是好像都是非正常样本(如图)，请教在哪儿可以下载到AML正常样本数据。
...织标本(通过质谱(MS)分析和外显子组测序证实)，以及来自TCGA的CG数据。 1.通过质谱分析定量m6A调控因子的表达谱 虽然有研究开发了一种基于抗体捕获的测序方法来鉴定m6A转录本，但针对患者来源的癌症标本的m6A组学研究仍...
利用sanger box进行TCGA数据分析，数据已下载，想利用DE center进行差异分析。 sanger box已登录，点击DE center显示软件已启动，如下： 但没有DE center运行框出来啊？ 请教是什么问题，如何解决？感谢！
...据挖掘潜在的肿瘤标志物。 二、分析技术路线 下载 TCGA 甲基化数据、RNA-Seq 数据、Clinical 临床随访信息、GEO 数据集 ↓ 甲基化数据处理 ↓ RNA-Seq 数据处理：下载 FPKM 数据，转换成 TPM，提取蛋白编码基因 表达矩阵 ↓ 分...
...寻找免疫治疗的biomarker。思路导图：数据来源：作者利用TCGA中结直肠癌的转录组数据来预测肿瘤浸润的淋巴细胞。利用突变联合转录组数据来预测新抗原，并标记了每位患者的微卫星不稳定状态、甲基化状态等作为其分子表型...
您好，老师！利用你们的软件，下载了TCGA上的临床数据，准备提取其中days to last followup数据来计算肿瘤病人Overall Survival，但发现days to last followup竟然有负值，并且几个病人是仍然活着的，所以不知道这个负值到底是什么意思，...
GSEA分析，TCGA数据库分高表达低表达两组，做GSEA全部富集在高表达组，低表达组为0基因集，zero cross 也极篇右，求问是什么原因造成的？用 另一种基因的表达分类再跑结果正好完全相反。请大神们帮帮忙！！跪谢！
做免疫浸润的软件(Estimate等)适合分析血液肿瘤吗？TCGA里的血液肿瘤(急性粒细胞白血病)测序数据做免疫浸润，但是白血病的肿瘤细胞是原幼粒细胞，也属于免疫细胞，那immune score （肿瘤组织中的免疫细胞浸润）得出的结果会...
...低风险，然后建立了这样的7个基因的预后模型，随后用TCGA、GSE17537两套数据来验证了一下这个模型的好坏，就完事了。 看完这些有些R语言好一点的同学自己就能做了，是不是突然发现原来五分的文章这么好发，事实上建模的...
...锊了锊，大概如下： 1、下载ICGC数据库的甲基化数据和TCGA数据库的RNAseq数据 2、分别筛选差异甲基化位点和差异基因 3、紧接着 使用GEO的表达谱数据集GSE21501进行验证，验证这些种子基因的差异表达 4、将甲基化差异结果和基...
...score=∑xi* βi(xi 是基因表达 βi 是coefficient).：比如，在TCGA 的单因素分析结果里提取了100个基因去做多因素分析，这时多因素分析的结果有5个基因，这五个基因都对应有β值，这个β值是不是直接用到GEO数据去验证呢呢？ 还是...
按照视频同步处理TCGA下载数据，在group=c(rep("normal",113),rep("tumor",1109)) > design <- model.matrix(~group) > y <- DGEList(counts=data,group=group) 报错：Error in .isAllZero(counts) : counts must be positive finite values 后来发现是在上一步：data=da...
...是AmiGo2中细胞内铁离子稳态（GO:0006879）。 2) TCGA数据集：经过筛选下载了TCGA中14中癌症的表达数据,甲基化数据以及临床数据。 3) 差异分析：使用DESeq.2以及edgeR进行差异表达，识别出70个在配对样本和非配对样...