老师，您好，我用v8 版的下载了TCGA 的头颈鳞癌数据，并且进行了ENSG转换，但是在Merge_matrix文件中，ENSG-ID编号都是有小数点的，比如 ENSG00000242268.2但是我在源目录下面找到的转换文件中ENSG编号都是不带小数点的，请问老师这个...
...物研究的例子给大家拓展一下思路，文末有观看方法。 TCGA表达数据的挖掘 先介绍两篇利用TCGA人类癌症数据库中的基因表达数据发表的文章，主要利用WGCNA的方法来筛选与癌症发生、发展相关的关键基因，从而发现区分不同癌...
...nabrowser.net/)数据库中下载了经统一标准化的泛癌数据集：TCGA TARGET GTEx (PANCAN,N=19131,G=60499),” ，请问这个“统一标准化”是如何进行的？是选用TPM, RPKM and FPKM中一种吗？还是其他方法？盼望你们尽快回复我，谢谢
...--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记"网红"小工具—TCGA简易下载工具，已经更新到V16了！2018慕谷医学高质量文章总结 转自：桑格助手
...是可以找更大的数据集来验证呢？既然是做肿瘤为何不用TCGA数据库辅助呢，还可以探索这8个lncRNA与其它临床信息的关联呀。内容分享完了，希望对大家有帮助！ 欢迎关注生信人TCGA | 小工具 | 数据库 |组装...
老师您好！导出FPKM并归一化之后得到merge_matrix.tpm.txt，然后试图使用盒中convert工具处理首列的ENSG_ID,发现程序只能选择tgz后缀文件，而V9 TCGA简易下载工具里没有ENSG_ID转换选项。
...疫响应亚型的风险因子 文章用到的数据比较多，包含TCGA带有临床特征的数据 GEO数据 CNV数据和突变数据。 第二篇文章来自Oncoimmunology，实时的影响因子是5.333 文章题目Two immune-enhanced molecular subtypes differ in inflammation, chec...
...间：2019.06.27 1) 数据：研究分析了两个HNSCC数据集(TCGA-HNSCC用于模型开发，Stanford-HNSCC用于验证)；基因组、统计学、临床数据来自 Genomic Data Commons (GDC)(https://portal.gdc.cancer.gov/), 而对应的CT数据来自The Cancer Imaging Archive (TCIA) (h...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点...
对于RNA-seq数据集，如TCGA RNA-seq，我们经常需要做一些转换，比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具，用以进行数据转换，该工具共有八个功能。 1...
...包括： 1. 训练集: 1) CGGA的RNAseq数据 2) TCGA-RNAseq数据 2. 验证集： 1) TCGA-microarray 数据集 2) REMBRANDT 数据集 3) CGGA的组织数据 1. 胶质瘤纯度与临床以及分子特征之间的关系 ...
...ntion IF:4.142 日期：2019.09 1) 样本数据：来自TCGA的1097个样本的临床信息，以及来自WCH的117例被诊断为三阴性乳腺癌的样本。 2) RNA序列分析：得到两个样本群的RNA-seq数据。 3) 细胞类型的富集分析...
...GEO的GSE73121数据集的121个细胞样本的原始转录数据；来自TCGA的537个ccRcc的表达谱；以及ICGC的91个患者的表达信息；同时也收集了这些样本的临床信息。 2) 单细胞数据的处理：推断基因组信息，过滤低质量细胞。 3) ...