DECenter:简便的差异分析工具使用教程
DECenter:简便的差异分析工具使用教程
差异分析可以说是每一个生信分析人员必备的机能之一，那么今天给大家介绍下DECenter:简便的差异分析工具。
首先是对DEcenter工具的界面介绍
共有6个可选框框
1：输入表达矩阵文件（不要问我矩阵文件是什么），需要注意的是输入文件的分隔符必须是制表符；
2：样本分组数据，也就是说哪组与哪组进行差异分析，例如Tumor vs Normal，在对样本排序时候需要将Tumor放到前面，得到结果就是Tumor相对Normal差异上调或下调，同样要注意的也是分隔符是制表符；
3：即使差异分析的方法，从最为常用的T检验到通过R包分析，每种方法都有自己特色使用时候根据数据情况来选择，需要注意的degR和DESeq2需要输入counts数据（也就是不能出现小数）；
4：选择分组文件即读入文件中区分样本的哪一列；
5：log2FC：Fold change倍数取对数，默认即是2倍的FC；
6：FDR：这里就不多说，计算出来的P值经过矫正后就是它了。
看起来没有那么的复杂。
- 发表于 2018-07-12 20:44
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- 分类：软件工具
