祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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一键式wgcna运行后无结果

可以尝试在CMD中运行命令: "C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\Rscript.exe" "C:\Sanger_V1.0.8\source\softs\5bece5eb9fdd8\WGCNA_Pipline.R" "C:\Users\asus\Desktop" "success_ExpData.txt" "success_Sam_info.txt" "1.2" "30" "unsigned" "5000" "0.25" "0.9" "2" "0.02" "-1" "1" 看看运行的提示是什么。

回答于 2018-11-21 09:32

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GEO数据挖掘之数据预处理那个视频内容

从你的截图上来看你的这套数据是测序的数据,并非芯片数据,所以视频中的预处理方法在这里不适合

回答于 2018-11-21 09:30

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GEO便捷转换器错误啊啊啊 最新版呀

这个问题应该在于你下载的压缩包可能不完整,你手动解压一下看看能否解压,如果不能则重新下载一下数据

回答于 2018-11-21 09:28

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GEO数据转换后得到数据 没有P值 怎么从这么多miRNA里筛选意义最...

GEO数据转换后得到数据 是表达谱数据,肯定是没有p值的,你需要做差异分析才能找到意义大的miRNA进行下一步分析

回答于 2018-11-07 16:54

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转录谱原始测序数据(HTSeq - Counts)样本数量与对应的临床病理...

这很正常,有些样本没有检测,有些样本检测了但是没有随访,仅此而已

回答于 2018-10-18 20:20

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GSEA工具

软件右侧 你选择的是百分之多少分 就是多少,引用之间引用GSEA就行

回答于 2018-10-18 20:19

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SeqMap序列比对时提示序列不匹配存在非法碱基

你的ID列 选择的应该是ID 而不是序列 你的探针列 应该选择 探针序列

回答于 2018-10-18 20:17

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芯片重注释之后,发现探针对应的基因不唯一

这种数属于 一个探针 比对到多个基因上的情况,这种情况 可以直接删掉(带///的),因为 这样的探针我们无法用它来衡量到底代表哪个基因的表达

回答于 2018-10-18 12:53

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盒子中便捷ID转换器中的背景文件,是什么?文件格式及如何选择?

可以自己整理的,点击 导入到 背景文件 即可 文件格式为:矩阵,第一列为 你需要转换的ID,第二列之后为你将转换的ID,右侧可以选择转成哪一列的。

回答于 2018-10-17 16:37

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TCGA 0值

0占比太多的基因或者样本可以删掉

回答于 2018-10-16 18:32