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老师，您好，tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的，得到24000...
旧版使用的是biomart进行ID转换，得到编码基因共包含24000个（其中有一部分也是非编码的），而新版的使用的是gencode v22版本的gtf，根据里面的type=protein_coding进行提取的编码基因，其中不同的版本会相差一些基因的。
回答于 2018-09-13 16:25
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请问老师，这是Firehose上的截图，miRNA和miRNAseq,mRNA和mRNAse...
miRNAseq:非isoform的为前体miRNA的测序结果，isoform的为成熟体的测序结果 mRNA：为芯片的结果 mRNASeq:为二代测序的结果
回答于 2018-09-10 10:48
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两个不同平台的RNA-seq或芯片，我可以Z值均一化后再做PCA吗
RNA-Seq 可用转TPM来做，芯片的话 有一些包可以合并比如DWD,直接做Z变换结果不一定好的
回答于 2018-09-10 10:44
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survivalROC如何输出置信区间？
这个包无法输入置信区间，使用timeROC可以 例子如下： ROC.bili.marginal<-timeROC(T=sample.GSE62254$OS, delta=sample.GSE62254$status ,marker=riskScore1, cause=1,weighting="marginal", times=quanti...
回答于 2018-09-08 20:35
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