问题一、有些GEO的数据集并非是基因芯片的,所以无法正确导出 问题二、样本分组 你没有选择正确,你要告诉软件哪些样本的处理组 哪些是对照组,不然 软件不知道怎么去给你筛选差异
回答于 2018-09-05 09:11
配置好后 稍作等待 然后正常的退出软件 就必须要重新配置了,有时候可能没有来得及写入到配置文件 你就关了软件,这样的话 打开是需要重新配置的 此bug 下一版本会改进
回答于 2018-09-05 09:09
差两个数 是多了还是少了呢? 预后信息数据 存在一定的差异的,因为更新顺序的问题 官网的比GDC API会快一点,而简易下载工具 使用的是GDC API,故此 有时候会相差一点的。另外 几乎所有的TCGA下载工具都存在这个问题,包括官网提供的gdc client,主要还是看你怎么看待这个问题
回答于 2018-09-03 09:47
每个ID的注释信息比如CX592099.1 则在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/CX592099.1 很明显你的这个是定制的芯片,里面使用的是EST来做的探针,一般数据库里并没有保存这些ID,建议你找到这些探针序列之后自己重新比对到你的物种的基因组上,可以拿到对应的通用的基因信息
回答于 2018-09-02 15:55
logrank是一种检验方法,猜测 审稿人应该问的是曲 线有交叉 使用logrank检验是否合适;你之前是怎么分组的,在什么时间点上出现了交叉,有没有计算ROC
回答于 2018-09-02 15:50