祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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GEO数据转换器及DECenter问题

问题一、有些GEO的数据集并非是基因芯片的,所以无法正确导出 问题二、样本分组 你没有选择正确,你要告诉软件哪些样本的处理组 哪些是对照组,不然 软件不知道怎么去给你筛选差异

回答于 2018-09-05 09:11

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请问一下为什么配置好SangerBox关闭软件再重新打开还得重新配置

配置好后 稍作等待 然后正常的退出软件 就必须要重新配置了,有时候可能没有来得及写入到配置文件 你就关了软件,这样的话 打开是需要重新配置的  此bug 下一版本会改进

回答于 2018-09-05 09:09

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gsea分析工具总是提示样本分组错误

你的group列 要放到第二列,第一列默认是样本名称列

回答于 2018-09-05 09:08

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SangerBox下载TCGA转录本数据合并后癌症和癌旁组织区分

看前15位 就够了 后面的一般用不上

回答于 2018-09-05 09:07

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用简易下载工具下载的癌和癌旁病人信息数据为何和直接从TCGA下载...

差两个数 是多了还是少了呢? 预后信息数据 存在一定的差异的,因为更新顺序的问题 官网的比GDC API会快一点,而简易下载工具 使用的是GDC API,故此 有时候会相差一点的。另外 几乎所有的TCGA下载工具都存在这个问题,包括官网提供的gdc client,主要还是看你怎么看待这个问题

回答于 2018-09-03 09:47

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“WGCNA 尚未运行完毕,请稍后再试!”

检查一下 你的数据,贴一下 软件右侧的日志输出内容

回答于 2018-09-02 15:57

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罕见ID转换问题

每个ID的注释信息比如CX592099.1 则在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/CX592099.1 很明显你的这个是定制的芯片,里面使用的是EST来做的探针,一般数据库里并没有保存这些ID,建议你找到这些探针序列之后自己重新比对到你的物种的基因组上,可以拿到对应的通用的基因信息

回答于 2018-09-02 15:55

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审稿意见说logrank曲线有交叉,如何解决

logrank是一种检验方法,猜测 审稿人应该问的是曲 线有交叉 使用logrank检验是否合适;你之前是怎么分组的,在什么时间点上出现了交叉,有没有计算ROC

回答于 2018-09-02 15:50

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GPL的应用

去GEO里检索你的GPL号

回答于 2018-09-02 15:47