祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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TCGA数据做批量生存分析

不要用xlsx格式,保存成txt格式就好 ps:写了个详细教程,这里拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例

回答于 2017-10-28 16:26

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请问一下,问题1:我用GEO芯片转换器对GSE69925数据集进行提取数...

1、无法进行lncRNA的批量提取,需要你去重注释 2、GPL18109芯片平台并未提供Gene Symbol注释

回答于 2017-10-27 13:16

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转录组定量工具-参考转录本序列怎么下载?

就是 基因转录的序列 可以到Ensembl那里下载

回答于 2017-10-27 11:22

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怎样通过基因ID查询对应基因芯片探针ID

首先你需要找到你要的 基因芯片平台 然后 下载基因芯片平台的探针注释文件 最后使用Excel筛选出你的基因以及对应的探针

回答于 2017-10-27 11:20

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想下载TCGA gene表达谱数据,应该下载什么类型的数据呢

基因表达谱:RNA-Seq miRNA表达谱:miRNA-Seq

回答于 2017-10-27 09:36

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有参转录组软件求助

36bp的数据 这也太短了吧,单末端的数据需要你提供片段长度和标准偏差的,如果你不确定可以设长度的10%左右

回答于 2017-10-27 09:35

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在NCBI 下载的GSE10143的基因表达谱中的值都是几百,但是在V8工...

V8工具 不能下载GEO的数据啊,不知道你下的是啥,截图看看

回答于 2017-10-27 09:33

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下载了新版本,但是还是没能运行导出,求指教!

你这个错误是由于你的路径中有空格导致的,D:\Program Files(x86) 这个搞的鬼,你把软件放到其他目录下,目录不要带空格就好了。

回答于 2017-10-27 09:30

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这回更改了英文路径,但是导出的时候又出现了软件的强制关闭。这...

看截图你的样本信息那个表有空行,你使用的应该不是最新版本,早先版本当结果目录和你的数据输入目录一致的时候回替换掉你的输入数据,以至于出现断行现象。 使用DEC正确姿势 1、准备表达矩阵 2、准备样本分组表,样本分组最好是经过排序的,也就是说同一组的样本放在一起,默认后面的组比上前面的组 3、导入软件 4、...

回答于 2017-10-25 20:12

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用生信软件做生存分析

注意检查你的生存时间列是不是数字,还是 状态列 是不是为0/1 截图中的三个位置的参数条件注意一下 1、比如你的随访时间是日期的,你选择了year,这个时候任何的时间都大于你设置的最大时间,这样也就意味着把所有样本都筛掉了 2、比如状态列非0、1的话,那些非0/1的样本也会被筛掉 3、时间那一列如果不是数字的话,...

回答于 2017-10-25 20:05