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  • oscarwang 生信一期  星标用户 2017-05-25 13:44

TCGA数据库中无法下载SNV的数据

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请问使用小工具下载了乳腺癌的RNA-seq数据，合并、ENSG-ID转换之后，Merge_matrix文件里面的KEY（如：ENSG00000167578.15）如何转换为常用的gene symbol？还有就是ENSG00000167578.15这代表的是TCGA里面的gene ID吗？

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10 求助：在DNA序列中预测motif该怎么设置碱基长度和motif出现次数http://www.shengxin.ren/questions

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朱老师您好，GEO芯片数据转化出现这样的情况怎么样解决？我的压缩文件是从GEO官网上下载的符合要求的数据。感谢祝老师。

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请问cytoscape 3.6.0版本安装后启动，出现stat error 是什么原因？

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HeatmapCluster工具使用案例具体操作问题

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  • jill 2019-04-15 22:05

GEO便捷转换器导出数据矩阵是空文档，没有提示导出失败也没有提示导出成功，样本矩阵是导出成功的，电脑内存应该也是够的，请问这要怎么解决呢？谢谢各位大佬！（截图一直上传不成功请见谅）

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在MEME网站预测基序，只能得到基序的序列，但是想知道具体功能，该怎么做？求助大神！

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De-center界面是logFC和FDR，没有P值

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https://portal.gdc.cancer.gov，最近上不去是怎么回事？

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10 在TCGA数据库中GBM miRNA数据中只有5个，但是我在文献上看到他们的数据有500多例，想请大神们研究一下，不胜感激！！

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geo下载的matrix.txt里面找miRNA数据 表格里面没有内容？

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gpl5175 注释文件没有gene symbol，该怎么用？

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GEO 下载工具输出的表达值是经过normalized 吗？使用limma分析还需要RMA，mas5处理吗

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15 老师，求助！为什么 批量生存分析里 置信区间出现小于零，绝大部分普遍认为的癌基因HR均小于1

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3 老师您好，想问下用贵公司盒子下载的TCGA的miRNA数据，如何合并得到read count数据（目前自动合并的是标化后的）？

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5 TCGA简易下载功能 本地无法连接TCGA

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  • oscarwang 生信一期  星标用户 2018-04-19 18:09

3 目前GEO多张芯片（多平台）进行校正和合并的R包，有哪些比较好？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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