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请问老师们，从TCGA官网上利用GDC tool下载结肠癌基因表达的counts数据，和使用R包-TCGAbiolinks下载，得到的样本数量不一致，请问是什么原因？有遇到这样的情况的吗？

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  • Pham 2018-05-24 06:20

批量生存分析工具分析出来差异很明显，KM曲线差异也很明显，但在spss中去做却没有差异，怎么解释？

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关于TCGA中GBM数据的使用

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GEO甲基化芯片分析

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用DECenter的时候软件提示不存在叫'limma'这个名字的程辑包 ERROR : unable to install packages 怎么办啊

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请问使用小工具下载了乳腺癌的RNA-seq数据，合并、ENSG-ID转换之后，Merge_matrix文件里面的KEY（如：ENSG00000167578.15）如何转换为常用的gene symbol？还有就是ENSG00000167578.15这代表的是TCGA里面的gene ID吗？

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在MEME网站预测基序，只能得到基序的序列，但是想知道具体功能，该怎么做？求助大神！

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3 老师们，GEO数据转换器里ID没有gene symbol

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3 关于数据下载后导入EXCEL中有大量数据空白的问题

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  • oscarwang 生信一期  星标用户 2017-05-25 13:44

TCGA数据库中无法下载SNV的数据

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老师们好，用火山图绘制软件，数据导入后，点击绘图，可是软件没有反应，麻烦老师了，感谢。

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简易热图里面，组间的聚类效果不太好怎么办？

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TCGA中某个单独的分子做差异分析，可以用T检验吗

1 回答

R语言代码出错

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5 怎么利用TCGA的数据，分析A基因在B基因高表达组和低表达组的表达水平？

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3 生存分析中log Rank=NA

1 回答

TCGA简易数据库转换的时候，是ENSG_ID最后一位要加上1再去biomart转换？如：ENSG00000111224.12转换为gene名的时候将ENSG00000111224.12变为ENSG00000111224.13才转换，只有这样才能得到工具转换出来的结果，为什么加上1呢？

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怎样用DEGseq软件做出差异基因表达相关图？

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15 TCGA下载的乳腺癌临床数据中指标的具体解读

2 回答
  • oscarwang 生信一期  星标用户 2018-04-19 18:09

3 目前GEO多张芯片（多平台）进行校正和合并的R包，有哪些比较好？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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