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这几天在看batch effect 在一篇文章中使用了combat处理，最终的结果是，combat处理后的差异CpG点变多，是不是有点异常？

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DEC运行问题

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请问 cnv数据 minus germline具体一点的操作是什么呢

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CNV数据合并出错

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10 TCGA 成熟体miRNA数据（isoform）为什么同一肿瘤内的不同样本的miRNA数目不一样

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想对几个miRNA前体进行生存分析，求教。

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10 请问TCGA中的临床信息clinical.tsv文件和XML文件有什么不一样，比如我下载的是HNSC这个肿瘤的，clinical.tsv中显示的随访病人有501个，而XML文件显示的随访病人有528个，这是为什么呢？

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8 SCDE包分析单细胞测序基因差异，使用手册中的命令不能重复出来是怎么回事

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使用DECenter-V6的问题

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TCGA 差异基因分析用的是RNA-htseq-count数据集，count数可以用来做多因素分析和roc曲线？

2 回答
  • wtj 2021-11-07 15:12

一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系 工具怎么购买

1 回答

3 乳腺癌RNA-seq差异基因分析需要先排除基线（如年龄等）的影响吗？如果需要怎样找到癌旁组织的临床基本信息？谢谢

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DECenter运行错误，求指点

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Ubuntu下bwa的安装中readme文件中的这三道命令怎么用？还有，我在安装包中找到了三个readme文件，不知道有什么区别？

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  • guo 2017-11-28 00:03

TCGA的miR数据下载下来之后怎么分析？

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下载了几个GEO的数据集，都无法筛选出P小于0.05的差异基因，可把条件改成P小于0.1么？

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5 请问Estimate生信技术适合血液肿瘤吗？

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请问低分纯生信友好杂志

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DE center里运行DESeq2做分析的时候，提示“不存在叫'DESeq2'这个名字的程辑包”，但是我系统自带的R软件已经安装了DESeq的包了，怎么解决？

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gsea工具一直提示样本分组只能分为两组？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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