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DECenter差异分析结果出现NaN是什么原因以及如何解决，谢谢

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miRNA数据集标准化

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分析GEO数据库GSE117830中lncRNA,但是分析出来ID没有见过，ASHG19A3A011733。。。这种怎么转换成ENSG啊？

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使用SangerBox，DECenter，提示：library is not writable，请问如何处理？

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15 sangerbox 简易数据标准化工具 的数据输入类型是什么？

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学习了您之前关于芯片重注释的文章，用seqmap对RNA芯片进行了重注释，但文献里一般会用好几个数据库对同一张芯片进行重注释，如何处理这几个数据库的注释结果的关系呢，以一个数据库的结果为主，其他未能在这个主要数据库里注释上的探针再去别的数据库进行注释吗，还是几个数据库都同时进行注释，最后的结果再用某种方式进行取舍？还有多个探针对应同一个转录本时，这个转录本的表达水平怎么处理呢，是择其一，还是用这几个探针的表达水平的平均值？

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请问我从UCSCXena下载的这份TCGA RNA seq表达谱数据是FPKM数据吗，要做基因差异分析应该使用选择什么方法（limma？DESeq2？），谢谢！

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请问老师们，从TCGA官网上利用GDC tool下载结肠癌基因表达的counts数据，和使用R包-TCGAbiolinks下载，得到的样本数量不一致，请问是什么原因？有遇到这样的情况的吗？

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TCGA=matrix(as.numeric(as.matrix(GeneExp)),nrow=nrow(GeneExp),dimnames=list(rownames(GeneExp),colnames(GeneExp))) > TCGA=averegs(TCGA) Error in averegs(TCGA) : 没有"averegs"这个函数 >

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FPKM转换TPM后的分析方法

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5 求问：SCDE包分析单细胞测序基因差异，使用手册中的命令不能重复出来是怎么回事

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祝老师，您好？如何识别GEO数据库下载文件是什么类型？

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10 关于ENSG_ID转换成基因名称的问题。

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8 SCDE包分析单细胞测序基因差异，使用手册中的命令不能重复出来是怎么回事

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GEO数据库geo81089的Supplementary file有两个文件，哪个是原始counts数据，哪个是已经标准化（归一化）的数据？

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  • LYL 2019-04-05 01:58

不同癌症表达差异太大

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5 sangerbox转化的TPM，表达值之间感觉差距很大，可以直接用于差异分析和heatmap.2热图绘制吗

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firehose与TCGA下载数据不一致

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从GEO数据库下载的RNA-seq标准化数据RPKM可以用limma包做差异分析吗？

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5 寻找目标基因和EMT相关基因的关系

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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