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解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观 遗传基因调控中的DNA 甲基化在正常发育和细胞功能中...

如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？ 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向多组学关联篇： High Expres...

文献解读（4）NC甲状腺癌的刻画

未分化的甲状腺癌（ATC）占甲状腺癌（TC）病例的2％或更少，是人类最具侵袭性的恶性肿瘤之一。ATC患者诊断后的中位生存期约为3〜5个月。，晚期分化的甲状腺癌（DTC）也表现出较差的结局。 然而，目前尚无有效的治疗方法...

文献解读（5）对于那些存在整体甲基化水平缺失的病人，使用免疫治疗药物对于这一类病人的生存时间竟然会有显著地改善

肿瘤突变负荷（TMB）和拷贝数是预测病人免疫治疗发应的预测标志物，之前的研究表明，有丝分裂和TMB、拷贝数以及发生在PMD区域的低甲基化水平相关，之前已经有很多研究探索了免疫治疗反应和TMB以及拷贝数特征的关系，...

文献解读（3）what？铁代谢的分子治疗可能对癌症的治疗有帮助?

铁是人体必需的一种金属离子，其在癌症中通常是失调的。铁参与许多细胞过程，如DNA合成和修复、能量代谢和氧化还原反应。癌细胞的增殖不受控制，他们需要比正常细胞更多的铁来促进细胞复制。因此，铁代谢失调是不...

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基...

UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

版本更新了，有写东西变了，想要使用请查看文档  https://shixiangwang.github.io/UCSCXenaTools/ ------------------------------------------------------------------------ XenaR包提供了一个简单的UCSC Xena接口，可以获取一些UCSC Xena存储的信息，包括GDC、TC...

医学博士的开题神器，了解一下？

最近有一些博士与小编讨论开题问题。小编就会问到那你都有什么准备呢，做了哪些前期工作，得到的答案是啥也没有...原因很复杂，但主要原因是没有足够的时间去看文献和前沿的报道，不知道研究什么是有意义的，这时你又...

文献解读（3）在AML中是否存在RNA剪切差异？

点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 RNA splicing alterations induce a cellular stress response associated with poor prognosis in Acute Myeloid Leukemia RNA剪切改变诱导急性髓性白血病预后不良的细胞应激反应 发表期刊：Clinical Cancer Research 发...

文献解析（6）What？放射可以用于头颈鳞癌患者的治疗？

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是一种常见的异质性恶性肿瘤，每年全球约有50万新发病例，包括口腔、口咽、鼻咽癌、下咽癌和喉癌。HNSCC的常规治疗包括手术、放疗和化疗，根据TNM分期和原发部位分别或联合使用。临床治疗的反应...

爱学习：手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

摘要分解 背景 ---------- 肾脏肾透明细胞癌（KIRC）是最常见的肾细胞癌（RCC）。然而，由于早 期检测和预后预测的生物标志物有限，KIRC患者通常预后较差。 思路 ---------- 1、从包括26个肿瘤和26个相邻正常组织样本的阵列...

生信文章解析（第四篇）能不能找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因？

在肿瘤发生过程中，会发生代谢组学相关的重编程，但在现有研究中，去分化甲状腺癌（DDTC）中代谢相关基因的表达模式仍然未知，这篇文章找到了和分化甲状腺癌（DDTC）代谢相关的基因标志物。在此，为大家介绍一篇：Transcr...

文章分享（一）What？肿瘤纯度是一个潜在的关键因素

胶质瘤中肿瘤纯度是一个潜在的关键因素 今天要和大家分享的是2017年10月发表在Clinical cancer research上的一篇关于胶质瘤中肿瘤纯度的文献【Tumor Purity as an Underlying Key Factor in Glioma  IF:9.619】 在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质...

生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

众所周知，TP53突变是肝细胞癌（HCC）中最常见的突变，它影响着HCC的进展和预后。尽管TP53突变在HCC患者预后中的致病作用已被充分证实，但其对HCC免疫谱的特异性影响尚未得到彻底研究。那么今天小编给大家带来的这篇文章就...

文献解读（3）TIGS是一种有效的肿瘤内在生物标志物，可用于ICI应答预测

如今以免疫检查点抑制剂(ICI)为代表的免疫治疗正在改变癌症的治疗。然而，只有一小部分患者对ICI有反应，并且如今对可以识别出哪些患者更有可能对免疫治疗有反应的生物标志物仍有广泛的需求。ICI反应的基础是肿瘤的免...