对于RNA-seq数据集，如TCGA RNA-seq，我们经常需要做一些转换，比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具，用以进行数据转换，该工具共有八个功能。 1...
在做生存分析的时候经常会有各种年份的生存率计算，比如手术的五年生存率，某种治疗方法的五年生存率等等，那么我们经常使用K-M法来制作生存曲线，看不同的样本之间的差异，在低分的杂志中五年生存率见得比较少，但在...
在数据分析之前，通常需要先将数据标准化（normalization），利用标准化后的数据进行数据分析。数据标准化是将数据按照比例缩放，使之落入一个小的特定区间，数据标准化的方法有很多种，常用的有Z-score、分位数等。 ...
肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的；基于ESTIMATE算法计算的免疫评分和...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，这是一个万能钥匙，因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性，如果他在大多数肿瘤中表达差异的话说明...
TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一...
01—前言 之前答应给大家的泛癌视频今天终于可以领取了，已经在粉丝群里的老铁们，赶快私信小编，小编在会发给您优惠劵兑换码，然后按照下面的推文领取视频和资料 02—课程目录一览 00、入门篇：单基因...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点点即可，并且支持动态调整，此外...
事实上很多时候都需要做基因ID的转换，与其依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，理解转换原理才能让你来去自如 今天主要记录几个ID转换的方式： 1、从NCBI下载...
这是上个月我们所举办博士海报 (PhD poster presentation) 时站我前面的德国小哥的作品，全场120张海报，就数他的最炫彩，而且作者只有一个人 (颇有我的神韵)，可叹的是，因为是偏算法的，少人问津。不过这倒是给了我充足的讨教...
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类，想必大家已经对它并不陌生，特别是做肿瘤方向。 CeRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编...
我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是 毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与免疫的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点点即可，并且支持动态调整，此外...
《EbioMedicine》是由临床四大期刊之一的《The Lancet》和CNS 期刊《Cell》 联合支持的开源期刊，旨在促进基础医学向临床医学的转化。起点非常之高，但直到今年才获得影响因子JIF=6.183，而且能够预感在未来几年影响力都会比较强...
医学研究的目的就是研究疾病的致病机理，找到相关的biomarker，对疾病的预防，诊断和治疗进行指导。癌症做为一种重要的疾病，其致病机理非常的复杂，目前大量研究是从大规模的病例数据中找一些跟治疗，生存预后相关的bio...