GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一，我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章，进行解读、复现、拓展三个方面的解析。 我们本次的总是就是PC端做生信，实现零代码，只要鼠标点点点。 ...
为了临床的童鞋更方便的处理大的表格矩阵，我们开发了一款简易的矩阵操作工具来对大的表格矩阵进行简单的数据处理 该简易矩阵操作工具主要包括以下几个功能： 1、从大的矩阵文件中提取指定列 2、从大的矩阵文件中提...
点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 “在生信分析之前对数据进行清洗，其过程对后续的分析起的重要的作用，有时直接影响结果的好坏” 01 — 研究背景 在以往的公众号推文中，小编给大家推送了很多实用...
文章，重在研究思路；有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作。对于土豪实验室可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前...
// 研究背景 // 肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境，它由免疫细胞，间充质细胞，内皮细胞，具有炎症介质和细胞外基质（ECM）分子[1-2]。在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被证...
刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如：https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下，我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选择肝癌RNA-Seq Counts数据进行下载如： 下载完成后...
哈哈，如果你看到这个标题，千万不要想起咪蒙。小编可是好孩子。 话说也是好多年前的现在，小编懵懵懂懂，傻啦吧唧的选择了这个伟大光荣正确的专业。 那时候天真的认为，等我30岁，小编一定要成为科学家。 是的，梦...
今天看到一篇帖子，193种已发表植物基因组汇总，简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动，见贤思齐，把我整理过的东西也发一发。截止2018年GDC的最新一次更新后，TCGA现存数据大致如下：CNVFPKM/FPKM-UQmiRN...
作者刻画了结直肠癌（CRC）的免疫表型和抗原基因组特征，描绘了肿瘤和免疫细胞的关系，试图揭示肿瘤的逃逸机制并寻找免疫治疗的biomarker。思路导图：数据来源：作者利用TCGA中结直肠癌的转录组数据来预测肿瘤浸润的淋巴...
在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，会有什么问题？ 10年nature有一篇综述，专门讲这个问题。 ...
WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐15个样品以上的数据。现在测序价格越来越...
首先祝大家圣诞节快乐！今天不废话直接看文章。一篇来自发表于神经医学一线期刊《Neurology》（IF=7.609）的文章。（在本公众号输入 30171077 可下载该文章全文预览)胶质瘤是成人中最普遍且具有毁灭性的原发性脑肿瘤，...
老规矩，先放参考文献：https://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-018-0574-0 多说一句，Clin Epigenetics这个杂志在5-6分数段表现的非常稳定，大家可以到桑格助手去查一下。 这个杂志位于肿瘤学2区，肿瘤学和...
第一篇文章来自，19年影响因子8.378 文章标题是Genetic and Environmental Determinants of Immune Response to Cutaneous Melanoma 大家可以通过doi自行查看，doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-18-2864 文章主要做的是一个事情是鉴定黑色素瘤的不同亚型，并且阐...
使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/）里面可以看出TCGA使...