找到约 15 条结果

【DNA甲基化分析系列】450K甲基化谱分析，6篇讲义从零入门

DNA甲基化（DNA methylation）是最早被研究的重要表观遗传修饰之一，基于芯片和下一代测序的高通量技术为DNA甲基化的广泛检测提供了技术平台（表 1-1）。Infinium HumanMethylation27 / 450 BeadChip芯片（以下简称为27K / 450K甲基化芯片）...

文献分享（6）对表观遗传酶进行综合泛癌分析揭示了癌症中表观基因组失调的普遍模式

最近在癌症基因组学中最重要的发现之一是鉴定新的驱动突变，其通常靶向调节全基因组染色质和DNA甲基化标记的基因。然而，鲜为人知的是这些基因是否表现出超越癌症类型的表观基因组失调的模式。那么今天小编为大家带来...

TCGA CNV全攻略

1、 明白什么是CNV 对正常人来说，基因组应该是二倍体的，所以凡是测到非2倍体的地方都是CNV。但是CNV本身就是人群遗传物质多样性的体现，所以对癌症样本来说，是需要过滤掉正常人体内的germline的CNV，得到somatic的CNV。 CNV...

文献解读（2）早期诊断的生物标记增加：DIS和PIS

缩写： DIS：诊断免疫得分（diagnostic immune score）PIS：预后免疫得分（prognostic immune score）DSC：消化系统癌症（Digestive system cancers）ESCA：食管癌（Esophageal carcinoma）STAD：胃腺癌（Stomach adenocarcinoma）LIHC：肝癌（Liver hepatocellular carc...

文章分享（三）iCCA的亚型与基因组、表观组、预后以及细胞来源的差异的关系

肝内胆管细胞癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA）是指起源于二级胆管及其分支上皮的腺癌，iCCA是第二常见的原发性肝癌，恶性程度较高，预后较差[1]。在此，为大家介绍一篇发在Hepatology 上的关于预后相关低氧免疫分类器的文...

文章分享（七）m1A甲基化酶基因竟与mTOR存在可靠的联系？

转录后调控可以通过一个复杂的蛋白质网络来影响基因的表达。N1-methyladenosine (m1A)是一个新证实的RNA修饰。然而对于其在肿瘤发生发展的影响知之甚少。今天小编就和大家分享一篇关于m1A的文章【m1A Regulated Genes Modulate PI3K/AKT/mTOR...

不畏浮云遮望眼，能发20分杂志的文章，牛逼在何处？

最近从合作医院那里收到这样一条信息。尴尬不，这份清单涵盖了大家所熟知的主流水刊，哦不sorry，是期刊。物极必反的道理大家都懂，这一现象推广到所有的医院也只是时间问题。当所有人都在庸庸碌碌做同样的事情的时候...

文章分享（六）膀胱癌特异性基因组改变，M2可能是巨噬细胞浸润的重要驱动因素？

今天要和大家分享的是今年发表在Oncology reports关于免疫微环境与肿瘤预后的文章【Tumor‑infiltrating M2 macrophages driven by specific genomic alterations are associated with prognosis in bladder cance】. 这篇文章主要研究肿瘤免疫微环境对膀胱癌的...

文献解析（5）表观遗传时钟与共识分子亚型和结直肠癌总体生存率的关系

表观遗传时钟，或DNA甲基化年龄，已被证明与年龄高度相关。同时有研究在结直肠癌中观察到表观遗传年龄加速，即DNA甲基化年龄与个体年龄差异。然而，表观遗传年龄加速与结直肠癌肿瘤分子特征、临床特征和患者预后的关...

生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

今天要为大家分享一篇去年三月发表在Clinical Cancer Research 的文章[Deep Learning based multi-omics integration robustly predicts survival in liver cancer; 2018.3; IF:9.619] 目前，缺少整合多个样本群的多组学数据预测HCC的生存的研究工作，而识别肝细...

文献解析（3）是什么基因分类器竟能应用到头颈癌病人预后以及靶向治疗的药物反应评估中？

       头颈癌是世界第六常见的疾病，是头颈部最常见的上皮来源的恶性肿瘤，每年约有60万人新发生病例数。导致该病的主要原因包括吸烟、酒精以及HPV的感染。也有相当多的研究去挖掘影响头颈癌预后的因素，但这些因...

文献解读（2）在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures

点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 Systematic profiling of immune signatures identifies prognostic predictors in lung adenocarcinoma 在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures 发表期刊：Cellular Oncology 发表日期：2020 May 28 影响因子：5.52...

他山之石可以攻玉：又能发SCI，毕业了！

《诗经》里有一句话一直广为流传。“他山之石，可以攻玉”，意思是别的山头的石头坚硬，可以琢磨玉器。作为一只科研汪，在科研上，我们同样可以借用“别人山头的石头”，来琢磨“玉器”。这里的“他山之石”包括GEO, T...

文献解读（1）癌症干性，肿瘤内异质性和跨癌症的免疫反应

标题：Cancer stemness, intratumoral heterogeneity, and immune response across cancers 杂志：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF: 9+   日期：2019.04.17 无论是分析癌症特征性的基因表达谱，还是实验验证发现肿瘤细...

文献解读（2）通过膀胱癌肿瘤突变负荷和免疫治疗的关系来进行多组学分析

缩写： TMB：肿瘤突变负荷（tumor mutation burden） BLCA：膀胱癌（bladder cancer） OS：整体生存（overall survival） DFS：无病生存期（Disease-free survival） 膀胱癌是指发生在膀胱黏膜上的恶性肿瘤。是泌尿系统最常见的恶性肿瘤，也是...