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不畏浮云遮望眼，能发20分杂志的文章，牛逼在何处？

...8 microarray data sets and 1 RNA-Seq data set for The Cancer Genome Atlas (TCGA) lung adenocarcinoma cohort. Only patients with nonsquamous NSCLC with clinical annotation were included. Samples were from 2414 patients with nonsquamous NSCLC, divided into a meta-training cohort (729 patients), meta-t...

sangerbox转化的TPM，表达值之间感觉差距很大，可以直接用于差异分析和heatmap.2热图绘制吗

新手小白，用sangerbox下载了TCGA的转录组数据，下载的格式是FPKM 之后用 “简易数据标准化工具”，将FPKM转换成TPM 但是TPM中的表达量参差不齐，从0到几万都有 请问这样算是标准化完了吗？因为看一些视频里，标准化之后的数...

简易数据标准化工具使用说明

...方法就是按住Ctrl即可） 3是四种标准化方法 TPM：适用于TCGA数据库；TPM的计算方法：     1）标准化基因长度：将所有基因的Read数除以基因长度（基因长度单位为kb）；     2）计算总Read数：计算每一个样本的总Read数，然...

生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

...上五分 思路清奇： 从流程图上来看就几步： 1、下载TCGA数据 2、计算样本免疫微环境评分 3、免疫微环境评分与各个临床特征的关系 4、免疫微环境评分高低与预后的关系 5、免疫微环境评分高低样本的基因表达差异 6、...

如何做一个发表级的单基因在泛癌中的表达差异分析

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，这是一个万能钥匙，因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性，如果他在大多数肿瘤中表达差异的话说明...

五年生存率 三年生存率 该怎么计算？

...，码字不易。 PS:关于失访人数，这个怎么定义，可以以TCGA临床随访信息为例子，比如某个病人 随访时间是3年零2个月，但是还是活着的，那么这个病人就在“3-4”年间失访了，在0-1,1-2都还算在访人次里。

如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与预后的关系的森林图

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点点即可，并且支持动态调整，此外...

关于Gene ID的转换问题简述

...q.gz 二、转ENSG：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2ensembl.gz#TCGA小工具ENSG转换由此而来 三、转uniprot：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz 四、转unigene：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene 五、基因与GO的对应关系：ftp://ft...

分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

...International Cancer Genome Consortium (ICGC)和The Cancer Genome Atlas (TCGA)主办的软件竞赛DREAM SMC RNA Challenge，分属于Fusion组，目前进入第四轮，performance始终排名第一，不出意外，肯定入选最终pipeline。从他的海报数据上看，还是挺吓人的，其...

开怼：我免费提供 单基因泛癌分析 ，你抄袭录个视频收费一千？那我也录套视频免费送！

​我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是 毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解...

免费领取泛癌研究视频了！还在等什么，赶快加小编微信吧！

...览     00、入门篇：单基因泛癌研究介绍     01、TCGA和GEO数据下载和处理     02、基因在泛癌种的表达及预后     03、基因在泛癌中的表达与免疫的关系 03—领取方式 1.小编会给你一个优惠劵兑换码.   2.复...

如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与免疫浸润的关系的相关性散点图

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与免疫的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点点即可，并且支持动态调整，此外...

文献解析（4）这篇研究确定了一个高效的DNA损伤修复相关风险信号作为预测低度胶质瘤预后的指标！

...据及相关的临床数据。              验证集：来自TCGA的451个胶质瘤样本的RNA-seq和芯片数据以及临床信息 ②　生物信息学分析方法：作者在CGGA数据集中对先前研究发现的513个DNA修复相关的基因使用单因素cox风险比例回归...

文献分享（9）m6A调控子在33种癌症类型中的分子特征和临床相关性

...号。 （2）33种癌症类型的全基因组组学数据： 作者从TCGA中获得33种癌症的组学数据集。这包括来自于TCGA MAF文件的体细胞突变数据，从Broad GDAC Firehose 下载拷贝数变异数据，从TCGA获得RNA-seq数据以及33种癌症的基因表达数据。...

两篇文章一字之差，影响因子差了三倍，他们都干了啥？（第二篇）

...析模块中的基因的功能，然后筛选出hub gene，进一步使用TCGA数据集验证。 那么我们回顾一下前一篇文章的总结性流程图： 对比发现流程及其相似，在流程上主要差别在于这篇文章用TCGA验证了hub gene，而之前的那篇文章两套数...