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建模的精髓：可靠性>方法

总结：这篇文章构建模型的方法非常简单，门槛不高。 建模可以有很多角度：关键基因，诊断，复发风险，耐药，转移，预后等等等等 数据可以有多种维度：mRNA miRNA lncRNA，CNV，SNP，甲基化等等等等 要把更多的篇幅放在模型鲁棒性的检验上

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• 生信分析流 发布于 2020-03-25 16:13

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文章分享（三）iCCA的亚型与基因组、表观组、预后以及细胞来源的差异的关系

结合多组学的数据，识别肝内胆管细胞癌的亚型，并对这些亚型拷贝数改变情况、甲基化（如：发生的位置，高甲基化的基因所参与功能）以及各亚型预后等方面进行系统地刻画。

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• 柚子 发布于 2019-07-25 13:29

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节后第一篇--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记

节后第一篇推送，首先当然是祝大家节日快乐！！ 传统意义上，过完初十五，这个年，才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿，节日过完，该向着我们的目标出发了！ 拿一

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• chris 发布于 2019-03-21 12:53

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基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章，你也可以

好久没有写稿子了，今天分享一篇纯生信文章,发表在scientific reports上，虽说很多人吐槽SR为水刊，个人认为其实人家发表的很多文章还是很值得学习的，比较喜欢直接一点，我们看图说话哈。...

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• 余繁荣 发布于 2019-03-21 12:26

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这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature，这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇...

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• 祝让飞 发布于 2019-03-11 14:34

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解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...

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• 祝让飞 发布于 2019-02-18 13:27

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pre-mRNA中存在的修饰及其对剪接影响

撰文丨苗苗 责编丨迦溆 日前，作为“诺贝尔奖风向标”的拉斯克奖——拉斯克·科什兰医学特殊成就奖颁给了Joan Argetsinger Steitz教授（致敬Joan Steitz！2018年拉斯克特别成就奖获得者），以表

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• 祝让飞 发布于 2018-10-09 07:56

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多因素回归分析工具 使用教程

先上图，后补充

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• 祝让飞 发布于 2018-08-22 15:33

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甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpG islands。CpG island是基因组上一段CpG位点密度较高的区域，这个概念是非常常见的 ，出了CpG island 之外，还会有CpG shores, CpG

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• 菜鸟新手 发布于 2018-08-22 09:10

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甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果

摘要 DNMT3A突 变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是 ， DNMT3A R882H ， 在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A

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• 祝让飞 发布于 2018-08-20 17:50

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DNA甲基化测序方法介绍

DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最

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• 祝让飞 发布于 2018-08-20 17:07

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警告：TCGA 官网下载甲基化注释文件错误！！！

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这...

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• 祝让飞 发布于 2018-08-08 20:28

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文章解读：乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析

这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章，思路清晰，数据获取简便，在其他的癌症的分析中可以套用。

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• 祝让飞 发布于 2018-05-01 15:04

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illumina的450K芯片的beta值含义及计算方法

illumina的软件(Illumina GenomeStudio Software)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。A beta value was calculated for each CpG target with Illum...

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• 生信菜鸟团 发布于 2017-08-10 22:59