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  • xixi 2019-06-20 14:34

5 TPM数据可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗

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10 TCGA中胶质瘤的正常脑组织对照信息有吗，如果有的话在哪里？

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老师，想问下怎么将RNA-seq中的ensemble ID转化成基因名字啊？搞了半天没找到。。。。

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关于days to last followup问题

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3 用TCGA小工具下载mRNA-seq表达数据，需要做批量生存分析和WGCNA,我看范例文章内都是下的FPKM,但我下载了FPKM数据，后期我又要做表达差异，需要用（DEseq）edgeR语言分析，又需要count数据，难道我还要再下载一次count数据吗？可以直接用DEseq工具分析FPKM数据吗？

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生信盒子生存分析作图的实线和虚线分别代表什么?

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用在线工具GEO2R对GSE数据的癌组织和配对癌旁组织进行差异基因分析时，进行的配对检验还是2独立样本检验？

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sangerbox工具窗口无法弹出

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不同平台的GEO数据集怎么进行数据标准化？

1 回答
  • xkw 2017-08-24 01:01

5 如何对多个GEO芯片进行标准化等预处理？

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GSEA简易小工具无法生成my analysis GSEA结果文件夹

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5 GSEA

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WGCNA gsg <- goodSamplesGenes(datExpr0)提示需要数值型数据

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WGCNA的问题，我做的关联性不强，请问这种情况常见吗？怎么改进呢

1 回答
  • LWD 2018-11-12 17:09

5 WGCNA加载程序包出错

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TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思呢？谢谢

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3 差异表达基因作图，请问如何做出上面图片的效果，自己做完是下面那个图片

1 回答
  • XL 2018-01-14 14:37

R语言的cox代码中分类变量必须用哑变量吗？求指导！！

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怎样从下载的GEO测序数据当中筛选出lncRNA呢？

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结肠癌TCGA数据库中，有部分病例new_tumor_events.new_tumor_event_after_initial_treatment这一栏是yes，我理解是术后复发了。但对应的person_neoplasm_cancer_status这一栏却是tumor free，哪位老铁知道这是什么意思

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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