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求推荐一个画pca图好看一点的R包

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怎样从下载的GEO测序数据当中筛选出lncRNA呢？

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不同平台的GEO数据集怎么进行数据标准化？

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  • xixi 2019-06-20 14:34

5 TPM数据可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗

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GSEA简易小工具无法生成my analysis GSEA结果文件夹

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15 TCGA基因表达（HTSeq-FPKM）的样本名称和临床资料（Clinical merge）的样本名称不一样，如何对应？

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3 差异表达基因作图，请问如何做出上面图片的效果，自己做完是下面那个图片

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生信盒子生存分析作图的实线和虚线分别代表什么?

1 回答

用在线工具GEO2R对GSE数据的癌组织和配对癌旁组织进行差异基因分析时，进行的配对检验还是2独立样本检验？

1 回答
  • xkw 2017-08-25 20:31

5 如何limma包将矩阵中的Probe_Id转换成Gene symbol呢？这个芯片的注释文件bioconductor没有，我下载的GEO中GPL的注释文件。

1 回答

WGCNA的问题，我做的关联性不强，请问这种情况常见吗？怎么改进呢

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生信人工具盒子V8 32位无界版没有GEO芯片数据转换器

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10 GEO数据基因注释（GPL17586）Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0 如何转换为gene symble

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5 如何下载TCGA完整的临床数据

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TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思呢？谢谢

1 回答
  • XL 2017-12-21 18:48

TCGA的表达量与临床数据如何匹配？手动？数量不一致怎么回事？

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10 sangerbox网页GSEA小工具跑两遍，用同样的矩阵数据、分组和geneset，结果不一样怎么办

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如何从TCGA数据库下载下来的肿瘤组织表达基因筛选自己的目的基因表达/

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5 TCGA数据移除批次效应

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DECenter运行出错，提示 some vale in assay are not integers，不是整数？该怎么解决？感谢老师们。

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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