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10 关于DESeq和edge R做差异表达的一些疑问

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如何区分下载的TCGA数据是癌组织还是正常组织？

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用DEG center 或者用R语言的limma包进行差异分析，将FDR设置为0.05，log2FC为1时，没有结果

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TPM和RPM文件如何进行基因差异性分析？

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  • 祝让飞 生信一期  星标用户 2017-03-26 17:37

Rstudio软件打开口出现空白，什么都没有

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15 TCGA数据库分析某个基因在癌症和癌旁组织的表达差异

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15 TCGAbiolinks安装问题求助

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3 请问这种RIP-seq的数据怎么分析？

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5 WGCNA 我使用R包已经运行完软阈值，在进行共表达数据挖掘时，软件一直提示错误，求助

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3 TCGA的DNA甲基化数据27k 和450k是什么意思？

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  • ZaCH 2017-11-21 20:05

3 下载TCGA counts数据后用EdgeR做差异分析，后续如果计算lncRNA与mRNA表达的相关系数，是用哪种数据呢？

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GSEA输入数据是RNA-seq，应该是fpkm还是counts，需要做预处理吗

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5 按照推文中下载了TCGA中突变的信息后续如何处理

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祝老师，您好？如何识别GEO数据库下载文件是什么类型？

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10 利用BRIG做基因组圈图，怎么不能显示基因组比对的信息？

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差异表达分析结果与生存分析结果不一致

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10 验证已知俩互作蛋白，用酵母双杂，二缺长出来，四缺不长，情况如下图，用AH109酵母感受态，PGAD，PGBK质粒。

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3 synteny同线性和collinearity共线性的区别和联系，最好画图举例

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SangerBox里的工具不能打开

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