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用tcga的RNA seq数据进行预后分析应该用表达值还是z-score

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5 TCGA的bam和vcf下载

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你好，在请教您一下，下载的基因表达谱数据数据里面怎么区分是mRNA跟lncRNA？可以有什么方法可以提取出里面的LncRNA吗？刚接触这个数据，很多不懂的，向您请教一下，谢谢了

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大家好啊，世界您好啊，请多关照哈

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KNN法补充缺失值，duplicate row.names are not allowed

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TCGA下载工具的ENSG_ID转换和TCGA ID转换器的区别

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10 用Rstudio下载GEO数据，出现could not find function "getGEO"怎么办

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sangerbox工具窗口无法弹出

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13 请问下载的TCGA 甲基化数据如何表示某个基因的甲基化水平呀，是该基因所有位点Beta值的均值吗？

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  • UWI 2018-07-09 15:52

请问老师，我的基因ID转化后从MIMAT开头的变成了has-mir开头的，是转换成功了吗，后面这个就是基因名吗？以及我的火山图做不出来，无论是用Tumor-vs-Nomal.edgeR_Dif.txt的文件还是转换后的文件都不行（如图），两个都是文本格式txt，不知道哪里出问题了，希望老师们帮我看下，真的很感谢啊！

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RNASeq-count数据合并

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10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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TCGA数据下载之后的处理问题

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  • xkw 2017-08-24 01:01

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SangerBox下载TCGA转录本数据合并后癌症和癌旁组织区分

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关于days to last followup问题

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为什么下载matrix找不到矩阵数据

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