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10 用Rstudio下载GEO数据，出现could not find function "getGEO"怎么办

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结肠癌TCGA数据库中，有部分病例new_tumor_events.new_tumor_event_after_initial_treatment这一栏是yes，我理解是术后复发了。但对应的person_neoplasm_cancer_status这一栏却是tumor free，哪位老铁知道这是什么意思

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5 GSEA

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5 TCGA数据移除批次效应

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为什么我在用gdc-client下载tcga数据的时候，一点回车，它就显示gdc-client已停止工作？ 希望您能帮帮我，非常感谢！

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如何从TCGA数据库下载下来的肿瘤组织表达基因筛选自己的目的基因表达/

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  • xkw 2017-08-25 20:31

5 如何limma包将矩阵中的Probe_Id转换成Gene symbol呢？这个芯片的注释文件bioconductor没有，我下载的GEO中GPL的注释文件。

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  • XL 2017-12-21 18:48

TCGA的表达量与临床数据如何匹配？手动？数量不一致怎么回事？

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5 如何下载TCGA完整的临床数据

4 回答

3 急啊，从GEO下载的series_matrix文件，解压之后得到TXT，3.95G，怎么打开啊？

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5 sangerbox转化的TPM，表达值之间感觉差距很大，可以直接用于差异分析和heatmap.2热图绘制吗

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5 如何查看几个基因是否在同个通路，以及他们之间是否有联系和影响

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10 firebrowse中TCGA数据下载文件名的意义？

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3 请问差异分析里面的logFc的底数是多少呢，导出来的结果没有底数，是默认为2还是10？

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软阈值自动算出是1，但R2是负数。

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3 DESeq2分析差异基因报错

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  • xkw 2017-09-05 20:16

如何处理TCGA count矩阵中重复的基因名

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3 TCGA数据库拷贝数数据分析

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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