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5 TCGA的bam和vcf下载

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5 如何查看几个基因是否在同个通路，以及他们之间是否有联系和影响

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gdc-client 在linux上运行失败，请问是什么原因？

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  • zjc 2017-09-28 15:58

TCGA样本数据库里有乳腺癌分子分型的信息吧，我找半天没有找到，向各位大神请教一下，谢谢

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3 DESeq2分析差异基因报错

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为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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求一份TCGA简易下载工具或者下载链接

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GEO数据库有lncRNA的数据吗?怎么输入关键词检索

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  • UWI 2018-07-09 15:52

请问老师，我的基因ID转化后从MIMAT开头的变成了has-mir开头的，是转换成功了吗，后面这个就是基因名吗？以及我的火山图做不出来，无论是用Tumor-vs-Nomal.edgeR_Dif.txt的文件还是转换后的文件都不行（如图），两个都是文本格式txt，不知道哪里出问题了，希望老师们帮我看下，真的很感谢啊！

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3 批量生存分析结果P值与图片中的Logrank 值不一致？

1 回答

你好，在请教您一下，下载的基因表达谱数据数据里面怎么区分是mRNA跟lncRNA？可以有什么方法可以提取出里面的LncRNA吗？刚接触这个数据，很多不懂的，向您请教一下，谢谢了

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  • sixi 2017-08-22 17:21

不同平台和系列的GEO数据整合分析

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tcga基因表达量相关性

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RNA-Seq测序结果怎么进行分析？

2 回答

10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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RNASeq-count数据合并

1 回答

10 各位大神，我分析TCGA数据，某基因mRNA表达在肿瘤转移组低表达，非转移组高表达。 转移组患者生存时间短。但某基因和患者生存无关，这个如何解释？

3 回答

SangerBox下载TCGA转录本数据合并后癌症和癌旁组织区分

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如何从TCGA数据库中，分析染色体拷贝数的变异（如缺失）情况？

1 回答
  • ZaCH 2017-11-23 20:16

关于TCGA数据filtration的问题

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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