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10 GEO探针ID转换成gene symbol

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  • xkw 2017-09-05 20:16

如何处理TCGA count矩阵中重复的基因名

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为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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10 各位大神，我分析TCGA数据，某基因mRNA表达在肿瘤转移组低表达，非转移组高表达。 转移组患者生存时间短。但某基因和患者生存无关，这个如何解释？

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DECenter运行出错，提示 some vale in assay are not integers，不是整数？该怎么解决？感谢老师们。

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  • lixj 2020-06-19 19:01

5 WGCNA筛选了方差前50%的基因，灰色模块还是很多是什么原因？

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你好，在请教您一下，下载的基因表达谱数据数据里面怎么区分是mRNA跟lncRNA？可以有什么方法可以提取出里面的LncRNA吗？刚接触这个数据，很多不懂的，向您请教一下，谢谢了

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LncRNA如何GO分析？

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3 批量生存分析结果P值与图片中的Logrank 值不一致？

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RNASeq-count数据合并

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求一份TCGA简易下载工具或者下载链接

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  • zjc 2017-09-28 15:58

TCGA样本数据库里有乳腺癌分子分型的信息吧，我找半天没有找到，向各位大神请教一下，谢谢

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SangerBox下载TCGA转录本数据合并后癌症和癌旁组织区分

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10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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  • ZaCH 2017-11-23 20:16

关于TCGA数据filtration的问题

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  • UWI 2018-07-09 15:52

请问老师，我的基因ID转化后从MIMAT开头的变成了has-mir开头的，是转换成功了吗，后面这个就是基因名吗？以及我的火山图做不出来，无论是用Tumor-vs-Nomal.edgeR_Dif.txt的文件还是转换后的文件都不行（如图），两个都是文本格式txt，不知道哪里出问题了，希望老师们帮我看下，真的很感谢啊！

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RNA-Seq测序结果怎么进行分析？

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  • sixi 2017-08-22 17:21

不同平台和系列的GEO数据整合分析

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GEO数据库有lncRNA的数据吗?怎么输入关键词检索

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对编码基因的表达矩阵（数据格式：FPKM）进行WGCNA,为什么灰色模块基因那么多，是什么原因造成的

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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