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为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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3 请问差异分析里面的logFc的底数是多少呢，导出来的结果没有底数，是默认为2还是10？

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  • XL 2018-12-14 11:53

ROC曲线下面积AUC值怎么比较？？

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10 firebrowse中TCGA数据下载文件名的意义？

1 回答
  • XL 2017-12-21 18:48

TCGA的表达量与临床数据如何匹配？手动？数量不一致怎么回事？

3 回答

3 GEO芯片数据转换报错，芯片数据中的探针编码如何转换为gene信息？

3 回答

Python处理如何将相同基因的FPKM算一个平均值再输出

2 回答

如何从TCGA数据库下载下来的肿瘤组织表达基因筛选自己的目的基因表达/

1 回答
  • xkw 2017-09-05 20:16

如何处理TCGA count矩阵中重复的基因名

1 回答

3 wgcna如何选软阈值

1 回答

RNA-Seq测序结果怎么进行分析？

2 回答
  • ZZZZ 2021-01-17 17:33

5 R中数据连续变量如何转换为分类变量？

2 回答

3 批量生存分析结果P值与图片中的Logrank 值不一致？

1 回答

请问下TCGA clinical数据里A8_New_Event_Time和A1_OS里的数据完全一样，A8的数据是不是错了？谢谢！

1 回答

5 如何下载TCGA完整的临床数据

1 回答

GEO数据库有lncRNA的数据吗?怎么输入关键词检索

1 回答
  • ZaCH 2017-11-23 20:16

关于TCGA数据filtration的问题

1 回答
  • xkw 2017-08-25 20:31

5 如何limma包将矩阵中的Probe_Id转换成Gene symbol呢？这个芯片的注释文件bioconductor没有，我下载的GEO中GPL的注释文件。

2 回答

5 geo数据库按series搜索的，同一疾病，study type限定为“Expression profiling by array”，然后结果有DNA芯片，有RNA芯片，这两个芯片各自的差异基因可以用来GO富集发文章吗

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DECenter运行出错，提示 some vale in assay are not integers，不是整数？该怎么解决？感谢老师们。

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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