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请问为什么生信人没法下载TCGA数据？

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搞生信最简单的流程是什么呢？找差异基因，做GO KEGG PPI？有没有一条明确的套路呢？希望大神们指点指点，生信小白谢谢大家

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简易TCGA下载工具，运行报错

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5 怎么利用TCGA的数据，分析A基因在B基因高表达组和低表达组的表达水平？

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  • zuby 2019-12-12 18:47

limma包运行时提示没有DGEList函数

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请教老师：我一共找到4个GSE数据集，分别以GSE1、GSE2、GSE3、GSE4代替，其中GSE1、GSE2、GSE3是同一个GPL，GSE4是另外一个GPL, 我该怎么分析？把GSE1、GSE2、GSE3提取原始数据，合成一个，然后与GSE4分别计算差异基因，二者取交集？谢谢

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  • qqqq 2018-07-12 09:22

原始数据标准化以后做的DEG跟原始数据直接做的DEG不一样，做标准化的意义是什么？

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RNA-Seq差异基因分析

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js如何刷新页面？

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祝老师您好，我用TCGA的FPKM数据用CIBERSORT进行分解然后分组，再用组标签做生存分析时，得到的P值很大，分不开。我不确定是CIBERSORT的去卷积效果不好还是聚类的效果不好，以你的经验CIBERSORT的去卷积结果好吗，能得到好的实验结果吗

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TCGA小工具合并文件功能

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一键式wgcna运行后无结果

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  • oscarwang 生信一期  星标用户 2018-04-19 18:09

3 目前GEO多张芯片（多平台）进行校正和合并的R包，有哪些比较好？

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De-center界面是logFC和FDR，没有P值

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怎样知道目的基因在研究组织中是高表达，还是低表达。

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10 Decenter分析TCGA差异基因

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5 【Python】关于排序的问题

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3 我查到的表达值是该基因所有转录本亚型表达总和吗？还是其中某哪一种？

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请问使用小工具下载了乳腺癌的RNA-seq数据，合并、ENSG-ID转换之后，Merge_matrix文件里面的KEY（如：ENSG00000167578.15）如何转换为常用的gene symbol？还有就是ENSG00000167578.15这代表的是TCGA里面的gene ID吗？

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ENSG_ID全部带有小数 例：ENSG00000242268.2 是把小数点连同小数点后面的一起去掉就可以了吗？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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