经常有人问怎么下载正常样本，疾病样本之类的，这里就给大家一个参考 使用TCGA简易下载工具可以下载所有的样本类型，具体看样本编号，在界面中只列了几个常见的，不常见的可以下载全部然后自己筛选 样本编号模式如下...
第一步，在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型第二步，选择需要下载的样本类型，默认选择原发癌和癌旁正常组织，根据需要单击选择所需样本类型，当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型 第三步，单击重...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系，比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你...
GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致，可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多， 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个人觉得应该没问题。
不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive carcinomacescCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinomacholCholangiocarcinomaclleChr...
很多人问怎么计算病人的生存时间，怎么获取病人的治疗方案，怎么知道病人肿瘤转移位置等等，每个人研究关注点不同，但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究，今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。 如...
从第一款简易TCGA下载工具开始，SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因，秉承简易、高效的原则，SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件，易上手，但是 在不同电脑上运行存在兼容性问题。 第二代 S...
刚好在做课件是有同学问怎么搞到三阴性乳腺癌的表达谱数据，故有此文 首先使用TCGA简易下载工具下载乳腺癌的表达谱和临床随访信息。 问句1： 这是他的临床数据： ER PR在临床随访信息中很好找，但是HER不好找 回答如...
突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示，瀑布图看起来十分的复杂高端，TCGA数据库中提供了近30种肿瘤的外显子测序数据，在这里我们开发了一个 个性化的工具 可以快速的展示指定基因在指定样本中的突变景观。 ...
今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这就很匪夷所思了。 本来以为偶然...
现已全部不可用，可用的持续更新的版本在SangerBox中，下载地址： http://sangerbox.com/ 简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求 图中是V1-V6各个版本的细节修正问题，到了...
PC端下载文献的神器有很多，不论是用小软件还是sci-hub都可以做到。但如果恰好身边没有电脑，或者只有一台公共电脑不适合存放私人的文件，这时候咋办呢？方法其实很简单第一步，微信找到桑格助手（就是目前你看到的这个...
本文与18年7月17日发表在Front. Genet（影响因子4.151）上，基本思路是通过一系列的生物信息分析的方法挖掘胃癌预后相关的潜在标志物。该研究的结果为进一步研究诊断和预后生物标志物以及促进GC的分子靶向治疗提供了一些指导...
点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 “为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满” 01 — 研究背景 前段时间，小编给小伙伴们系统的介绍了转录组分析过程中的常...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，不用输入数据，鼠标点点...