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来自6分新贵杂志的生信数据分析

...差异甲基化分别在Island和gene promoters的表达热图 想自学TCGA/GEO数据挖掘技能？想要加强生信技能？                                                                     请看这里：生信人社区教程            有生...

解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

...正常组织样品）的DNA甲基化数据获自The Cancer Genome Atlas（TCGA，https ：//cancergenome.nih.gov/）。使用Illumina HiSeq产生的329个COAD样品的RNA-Seq基因表达数据来自UCSC Xena（https://xenabrowser.net/datapages/?dataset=TCGA.COAD.sampleMap/HiSeqV2&host=https://t...

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

...GSEA富集分析 - 界面操作 癌症数据库 UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)ICGC数据库使用TCGA数据库在线使用 Python学习 Python学习极简教程 （一）Python学习教程（二）Python学习教程（三）Python学习教程 （四）Python学习教程（五）Python学...

解决 批量生存分析工具结果中，匹配上234个样本，但是生存曲线中低表达组N=14，高表达组N=13，请问为何匹配样本数和高低表达组样本数差很多？

祝让飞老师在《拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例》一文中，详解讲解了批量生存分析工具，最后一张图中匹配上满足条件的样本是234个，但是生存曲线中低表达组N=14，高表达组N=13，请问为何匹配样本数和高低表达组...

文献解读（4）NC甲状腺癌的刻画

...腺癌（DTC）的分子低估可能在最近的综合研究中被扩大。TCGA基于转录组分析提出了甲状腺乳头状癌（PTC）的两种亚型：BRAFV600E-like和RAS-like。 今天的小标本介绍的初步研究证实了第三种分子亚型，Non-BRAF-Non-RAS（NBNR），它与滤泡...

一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系，我们从先前的研究中（Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogen...

爱学习：手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

...合分析，最终筛选了20个hub 基因作为关键基因，然后使用TCGA数据库的数据和RT-qPCR进行了验证。 以上是这篇文章的整体思路，可以说是非常容易上手，也是非常典型的生信分析之后加实验验证的文章，涉及到的生信技能如下...

一步一步教你做芯片重注释

... 我们可以看到这样就可以将探针对应到ENSG ID上了，这和TCGA使用的ID 一致，我们可以使用ID转换器从中提取出lncRNA和编码基因的ID。 方案二： 下载基因组序列文件作为参考序列，使用简易seqmap软件进行比对，将探针序列比对...

今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章

...瘤免疫相互作用。本文整合多种免疫基因组学方法来探究TCGA的33种癌症TME总淋巴细胞浸润水平（来自基因组和H＆E图像数据）来自mRNA-seq数据的反卷积分析的免疫细胞组分免疫基因表达特征新抗原预测TCR和BCR谱系推断病毒RNA表达...

文章分享（二）不同的肿瘤微环境中，缺氧及免疫与预后关系

...文献挖掘得到54个缺氧免疫相关的signature基因 2. 分析TCGA中HNC数据集的表达谱，以及两个独立的验证集 3. 用免疫组化研究蛋白signature 4. 采用多重免疫荧光染色法观察缺氧和免疫markers的空间分布 文章用到的数据信息...

用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章

...看官们儿，敬请期待我们《公开数据挖掘系列之二 ----- TCGA数据挖掘》！！！     喜欢的别忘记点赞哦！！！

文献解读（7）肺ADC中的空间甲基化异质性

...类 为了将异质性程度放在更广泛的背景下，作者对来自TCGA肺腺癌的33个肿瘤区段的启动子区域和369例患者（366个肿瘤和38个正常样品）的相应位点进行了12601个位点的无监督分层聚类。结果显示这些样本没有形成单独的群集，并...

文献解析（5）表观遗传时钟与共识分子亚型和结直肠癌总体生存率的关系

...ention   IF：4.142  发表时间：2019.10 1)      数据：从TCGA下载结肠组织DNA甲基化数据和389例CRC样本及38例匹配正常样本的临床信息。这些癌症的CMS分配是由CRC亚型协会进行的一项大规模研究获得的。CMS分类系统基于包括TCGA在...

必看！绘制高颜值图的秘诀！

...达矩阵 ---------- 计算矩阵中每行和每列中的统计量，以TCGA中胰腺癌的数据为例，如下图所示； 特别注意： 1.如果是以文件的格式将数据导入到云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转为以制表位符分...

告别繁琐 “傻瓜式”操作 >>计算肿瘤微环境

...9–22. [3] Jia D, Li S, Li D, Xue H, Yang D, Liu Y. Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment. Aging (Albany NY). 2018;10(4):592–605. [4] Newman A M , Liu C L , Green M R , et al. Robust enumeration of cell ...