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WGCNA分析前的数据处理

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各位老师好，请问sangerbox里的TCGA简易下载工具里面下载数据后怎么进行ENSG-ID转换呢？

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  • ZaCH 2017-11-10 20:28

3 请问TCGA下载工具V6整理的临床信息，怎么确定是否复发来计算DFS？

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20 GEO数据基因注释问题（GPL17586）Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0

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10 TCGA简易工具下载数据视频教学版 能再发一次么

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  • xkw 2017-09-06 20:44

TCGA counts标准化

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5 geo数据库按series搜索的，同一疾病，study type限定为“Expression profiling by array”，然后结果有DNA芯片，有RNA芯片，这两个芯片各自的差异基因可以用来GO富集发文章吗

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5 TCGA 甲基化数据大小问题

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15 edgeR找差异基因运行出的火山图，热图看不懂啊，求大神指点。

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GSEA中FDR都是1的问题

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10 为什么 基因的名称都是ILMN+数据，怎样可以显示原来的基因名

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3 按照教程多个GEO数据集差异分析结果进行综合，RRA工具报错

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GEO数据库geo81089的Supplementary file有两个文件，哪个是原始counts数据，哪个是已经标准化（归一化）的数据？

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5 请问Lasso分析中risk score 出现负值代表什么？

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请问TCGA用lasso做预后模型，用GEO验证，结果验证组risk全是低风险组，是不是TCGA和GEO两个数据要先做处理，“统一”化？TCGA是从UCSC上下载的

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TCGA胶质瘤数据下载相对应的癌旁/正常对照

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GEO芯片数据中，从同一平台上下载几个不同芯片，这其中包含的多个cel文件可不可以直接放在同一文件夹内用R进行分析？

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启动子区域的 CpG 位点的筛选

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10 使用简易TCGA下载工具的若干问题！谢谢

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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