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3 我筛选出1000多个差异表达的lncRNA，做了批量生存分析之后，结果文件里只有400多个lncRNA了，这种情况正常吗？筛选的标准是什么？

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用一键式WGCNA出现datExpr must contain numeric data.

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pheatmap美化

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关于TCGA生存分析FPKM数据处理的问题

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使用TCGA简易工具下载breast的solid tissue normal的CNV数据，里面分为grch38.seg.txt和nocnv_grch38.seg.txt，想问一下这两个格式的文件有什么区别？我想做一个不患乳腺癌的reference，需要用到什么文件呢？

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  • LX 2018-07-22 22:56

用GEO2R和DECenter同时做一个数据库，结果相反，但是我完全是按照先加入肿瘤样本，再粘贴对照组样本，出来的确是反的，但差异因表达上调和下调与oncomine基本一致。而GEO2R的数据如下图，在肿瘤中明明低表达，癌旁中高表达，但logFC却是正值，是不是有问题，求解答

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3 WGCNA软阈值过低

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自己下载的TCGA临床数据，一种是一个JSON文件，一种是很多个XML文件，怎么把它们转化成表格形式呢？

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GEO数据标准化

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3 生信人工具盒V7，GEO芯片数据转换器下载不了

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TCGA数据，不同肿瘤的数据是否可以合并分析

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怎样快速简洁的从TCGA数据库中提取预后相关信息？

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  • 000 2020-06-17 14:17

3 不同组织的样本可以分别筛选差异基因，然后再取交集进行后续分析吗？

1 回答
  • Nick 2017-06-07 13:37

3 vsearch如何下载安装和使用，与usearch在脚本中的用法是否有较大差异？

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GEO芯片数据转换器中转换ID怎么选择

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  • XL 2018-03-11 21:35

5 cox回归的分类变量结果怎么自动分组展示了？

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10 有人做过“ENST00000000233.9_1”这种ID的转录本注释吗？

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WGCNA分析前的数据处理

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5 lncRNA重注释

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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