热门的问题 - 第22页

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天空的眼泪 2017-11-09 10:39

请问，通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling（数据类型是芯片数据吗？）可以做miRNA差异表达分析吗？如果可以的话，用DECenter小工具时应选的方法是limma(芯片），还是edgR（counts数据）

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yanawang 2018-07-12 14:13

GEO芯片数据转换器无法登陆

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yearper 2017-10-16 20:33

你好，用贵公众号的简易TCGA下载工具下载临床数据，合并后格式好像不对，还需要怎么处理？跪求帮助

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cuiying 2018-11-26 10:32

5 请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM，不是应该为FPKM吗？

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lixing 2017-10-30 20:07

Python如何判断一个文件是否为空？

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zjuwang 2020-03-10 11:07

10 GDC在win10上无法运行（已解决）

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land_fly 2017-08-30 14:48

DNA甲基化疑问

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qqqq 2018-06-28 10:45

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

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6027浏览

彭定康 2018-02-21 18:57

15 请问有没有生物信息学的方法可以用于找已知基因的互作基因(蛋白)？

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halei 2019-04-02 21:58

存在这种批间差异该如何处理？

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周瑶瑶 2019-03-02 15:15

3 请问在TCGA下载的miRNA数据中hsa-mir-21怎么转换为相应的基因名称？还有甲基化的数据类似cg00003578怎么转换？

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王刚 2017-05-21 15:03

请问有人会用starbase进行lncRNA和miRNA的比对吗？做ceRNA网络中用的，谢谢

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小卡 2017-11-16 18:44

在筛选DEGs时，P值确定，如何通过判断FC值的大小来判断上调与下调表达

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snowkitty 2017-12-14 10:17

5 GEO芯片数据转换器在选择多个探针对应同个基因的策略时，选择最大值后仍导出中位数值

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6012浏览

omo 2018-05-07 22:47

15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

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小苹果 2017-11-02 09:22

3 怎样把两个Merge_matrix.txt文件合并为一个

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suiyi 2018-07-28 16:58

盒子中的软件无法打开

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5996浏览

刘锦 2018-10-10 16:45

illuminaga_rnaseqv2-RSEM_genes (MD5) illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes (MD5)这二者有什么区别吗？做差异分析应该选择未normalized后的原始数据吗？所以选择第二种吗？

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小白菜 2018-05-28 10:48

ENSG_ID全部带有小数例：ENSG00000242268.2 是把小数点连同小数点后面的一起去掉就可以了吗？

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xiaocao 2017-09-08 22:02

请问，通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling（数据类型是芯片数据吗？）可以做miRNA差异表达分析吗？如果可以的话，用DECenter小工具时应选的方法是limma(芯片），还是edgR（counts数据）

GEO芯片数据转换器无法登陆

你好，用贵公众号的简易TCGA下载工具下载临床数据，合并后格式好像不对，还需要怎么处理？跪求帮助

5 请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM，不是应该为FPKM吗？

Python如何判断一个文件是否为空？

10 GDC在win10上无法运行（已解决）

DNA甲基化疑问

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

15 请问有没有生物信息学的方法可以用于找已知基因的互作基因(蛋白)？

存在这种批间差异该如何处理？

3 请问在TCGA下载的miRNA数据中hsa-mir-21怎么转换为相应的基因名称？还有甲基化的数据类似cg00003578怎么转换？

请问有人会用starbase进行lncRNA和miRNA的比对吗？做ceRNA网络中用的，谢谢

在筛选DEGs时，P值确定，如何通过判断FC值的大小来判断上调与下调表达

5 GEO芯片数据转换器在选择多个探针对应同个基因的策略时，选择最大值后仍导出中位数值

15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

3 怎样把两个Merge_matrix.txt文件合并为一个

盒子中的软件无法打开

illuminaga_rnaseqv2-RSEM_genes (MD5) illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes (MD5)这二者有什么区别吗？做差异分析应该选择未normalized后的原始数据吗？所以选择第二种吗？

ENSG_ID全部带有小数例：ENSG00000242268.2 是把小数点连同小数点后面的一起去掉就可以了吗？

根据芯片筛选出的差异基因绘制其染色体定位分析图

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