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为什么TCGA简易数据库ENSG_ID转换得到的基因数和在Ensembl转换得到的数量不一样？

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WGCNA分析， 基因表达文件中，有2万个基因，如何进行选取？是根据方差？还是选取差异表达的基因做WGCNA?

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  • SXR 2017-04-06 10:12

简易TCGA工具问题：请问这个合并文件怎么总报错呢

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RNA-seq的GSEA

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5 在文章里看到metagenes 是什么意思。

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3 GEO的RNA-Seq数据为RPM，如何转换为TPM?

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15 TCGA临床信息中的grade分期如何获得？

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3 limma包进行探针注释时GPL570_HG-U133_Plus_2_201410030.txt文件不知道去哪下

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6 R语言如何分析TCGA差异表达

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  • ZZZZ 2021-09-25 16:58

3 芯片batch评估，sample太多，ggrepel包画pca图，画不下，如何解决？

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下载TCGA的mRNA数据，里面很多数值是什么

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GPL570同一个平台下，准备分析9套数据，是否可以RAW原始数据合并？

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TCGA FPKM数据处理

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GSEA的分析一直报错，可以有gct和cls的文件出来，但是文件夹是空的，用两个版本盒子试过都不行。换成根目录文件夹也不行

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5 请问下如果我做多基因预测模型的话，risk score如何要设立？

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通过pearson相关对样本进行聚类（R语言）

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用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时，用A1_OS，A2_Event 和vital_status，days_to_last_followup这两种都可以吗

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3 TCGA中miRNA profiling下载完，合并后merge.txt错位

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lncRNA的识别

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热图下面的min和max是什么意思啊？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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