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关于TCGA生存分析FPKM数据处理的问题

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5 GEO数据库如何并联不同的dataset

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5 lncRNA重注释

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用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时，用A1_OS，A2_Event 和vital_status，days_to_last_followup这两种都可以吗

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SangerBox下载数据，检索的时候，一直连不上呀。一直是在检索中，没有其他的任何反应（电脑联网了）

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GSEA中FDR都是1的问题

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SRA的数据可以像GEO一样差异分析吗？有相关的工具吗？

1 回答

各位老师好，请问sangerbox里的TCGA简易下载工具里面下载数据后怎么进行ENSG-ID转换呢？

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  • XL 2017-12-21 13:28

GEO 转换出来的表达量的ID为什么是一串看不懂的数字，怎么变成可以看懂的分子名称？

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5 在文章里看到metagenes 是什么意思。

2 回答

10 使用GEO小工具的过程中，miniml无法下载

1 回答

5 请问下如果我做多基因预测模型的话，risk score如何要设立？

1 回答

自己下载的TCGA临床数据，一种是一个JSON文件，一种是很多个XML文件，怎么把它们转化成表格形式呢？

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10 如何进行病毒序列进化分析

0 回答
  • FCZ 2019-11-19 08:24

生存分析用原始数据还是标准化后的呢？

1 回答

15 edgeR找差异基因运行出的火山图，热图看不懂啊，求大神指点。

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  • ZaCH 2018-03-23 11:35

5 gene signature模型构建的方法

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各位老师，请问怎么用KEGG对共表达基因做KEGG通路富集呢？（试过DAVID,里面的结果不是很理想）

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GEO芯片数据中，从同一平台上下载几个不同芯片，这其中包含的多个cel文件可不可以直接放在同一文件夹内用R进行分析？

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3 GSE12417这一组数据，导出的样本信息格式不对。

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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