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GEO数据库中的芯片数据txt文件（比如GSExxxx_series_matrix.txt）都是已经log化后的数据吗？

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  • ZaCH 2018-03-23 11:35

5 gene signature模型构建的方法

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分析GEO数据库GSE117830中lncRNA,但是分析出来ID没有见过，ASHG19A3A011733。。。这种怎么转换成ENSG啊？

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请问TCGA用lasso做预后模型，用GEO验证，结果验证组risk全是低风险组，是不是TCGA和GEO两个数据要先做处理，“统一”化？TCGA是从UCSC上下载的

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5 请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数，应该用FPKM还是应该用TPM呢？

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  • x131 2021-04-26 10:26

13 请问http://sangerbox.com/TcgaDown下载的数据是log化的，还是没有log化的？

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5 GEO数据库如何并联不同的dataset

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GEO的series.matrix数据需要均一化么？combat小工具输出的数据读入R作为矩阵，报错呢？

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祝老师，您好，我想再请问一下，表示患者随访结束后最终生存状态的是vital_status还是A2_Event，请问看那一列？？

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  • qqqq 2018-06-28 10:45

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

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3 WGCNA软阈值过低

1 回答

R语言的pheatmap遇到的问题

2 回答

10 TCGA数据库中肺腺癌分级G1，2，3，4在哪？

1 回答

画ROC曲线

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  • omo 2018-05-07 22:47

15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

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GEO数据库geo81089的Supplementary file有两个文件，哪个是原始counts数据，哪个是已经标准化（归一化）的数据？

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  • SXR 2017-03-30 11:34

类似galaxy 一样的生信分析平台有哪些？

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各位老师，请问怎么用KEGG对共表达基因做KEGG通路富集呢？（试过DAVID,里面的结果不是很理想）

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20 oncomine账号出现这种问题怎么解决？

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TCGA下载工具下载下来的RNAseq数据，经过合并后，需要进行其他处理吗？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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