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DNA甲基化疑问

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  • ayyz 2018-12-29 09:57

5 TCGA数据中的很多样本数据缺失，显示为NaN，在做热图或者计算相关系数时应该如何处理？是将该数据删除吗？

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R语言的pheatmap遇到的问题

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GEO的series.matrix数据需要均一化么？combat小工具输出的数据读入R作为矩阵，报错呢？

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请问通过小工具下载的甲基化数据，那些甲基化cpg位点怎么对应或者转化成gene symbol?

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用简易工具v14下载TCGA的SNP数据该下载哪个？如VarScan2..., MuSE..., MuTect2...,还是SomaticSniper...?各是什么意思？

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5 GEO数据库如何并联不同的dataset

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15 请问有没有生物信息学的方法可以用于找已知基因的互作基因(蛋白)？

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10 GDC在win10上无法运行（已解决）

2 回答
  • qqqq 2018-06-28 10:45

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

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分析GEO数据库GSE117830中lncRNA,但是分析出来ID没有见过，ASHG19A3A011733。。。这种怎么转换成ENSG啊？

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10 TCGA数据库中肺腺癌分级G1，2，3，4在哪？

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3 如何筛选出某一单基因高表达的肿瘤样本中的差异表达基因？

1 回答

批量计算生存的工具计算的HR 为什么有 负数的HR 和95%CI

1 回答
  • xkw 2017-09-20 21:35

WGCNA得到的基因模块如何做生存分析？

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TCGA RNASeq数据归一化FPKM数据可否使用Z-Score归一化

1 回答

5 请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数，应该用FPKM还是应该用TPM呢？

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祝老师，您好，我想再请问一下，表示患者随访结束后最终生存状态的是vital_status还是A2_Event，请问看那一列？？

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存在这种批间差异该如何处理？

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  • omo 2018-05-07 22:47

15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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