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  • tnt 2018-04-23 13:54

GSEA工具盒子报运行出错，得到gct和cls，无my_analysis.Gsea文件

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从Firebrowse上下载的CNV 数据处理

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RNAseq 用hisat2+featurecounts+DESeq2流程得到count矩阵，先根据ensembl ID转换成gene symbol，出现多个ID对应一个symbol的情况，需要对基因的count值进行合并，请问可以用什么方法，可以提供下代码参考吗？

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为什么TCGA简易数据库ENSG_ID转换得到的基因数和在Ensembl转换得到的数量不一样？

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TCGA 数据库中RFS 时间 有的是0天 这个怎么处理？谢谢

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5 TCGA中基因表达数据的差异太大，可否删去离群值，便于作图

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关于TCGA下载工具lncRNA的count和fpkm

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用简易工具v14下载TCGA的SNP数据该下载哪个？如VarScan2..., MuSE..., MuTect2...,还是SomaticSniper...?各是什么意思？

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DEC运行出错b'ERROR : No residual degrees of freedom in linear model fits \r\n'求解答

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COBERSORT 网页版无法正常上传数据，R包申请无回复。求R包或者其他解决办法

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10 在Jinja2里面如何计算字符串长度？

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10 关于提取TCGA的maf文件中的基因突变信息

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  • xixi 2019-12-09 11:07

3 使用多因素回归小工具进行分析时出现P＜0.05但95%CI跨1的情况

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生信人工具盒为啥没法下载？

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5 WGCNA使用疑问

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webgestalt基因功能富集分析-Reference Gene List

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TCGA RNASeq数据归一化FPKM数据可否使用Z-Score归一化

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TCGA简易下载工具v14中的甲基化数据和CNV数据下载后，都是转化好的基因水平的矩阵吗

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  • zlf 生信一期  星标用户 2017-03-26 17:31

Centos6系统中自带的R版本很低，如何快捷的升级R版本呢

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用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果做生存分析呢？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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