• Shannon 2021-03-05 18:26

10 RNA-seq 差异表达 无重复样本

• Haoyue Guo 2021-01-17 23:35

3 GEO的RNA-Seq数据为RPM，如何转换为TPM?

• GEO分析

• Leeson 2020-11-17 08:56

5 全血RNA-seq能做免疫浸润吗？

• 蔡令凯 2020-10-31 20:50

10 pheatmap

• shengxinren_hugh 2020-10-27 16:32

3 TCGA训练集建立riskscore,取中位数分组，将tcga所得riskscore中位数应用到geo验证集无法分组，该怎么解决？中位数

• 冬天 2020-10-12 10:51

3 WGCNA软阈值过低

• min xu 2020-09-20 13:34

10 做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq（不同时间段做的），共有3组（空白，模型，药理），发现两次结果的差异基因数差别很大（仅统计mRNA数据），即（mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个，而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000），请问下一步应该怎么办，不知道哪次的结果是正确的，困扰了我大半年了，希望好心人帮助我解决这个难题，不然没法毕业了

• 批次

• min xu 2020-09-20 11:01

3 请问样品相关系数用的基因原始数据，是否要取log2

• 科研小小咖 2020-09-13 16:53

5 miRNA数据合并后有两个文件：miRNA Profiling.isoform.merge.count.txt和miRNA Profiling.isoform.merge.txt，如何选择使用呢？

• Vincent 2020-08-04 19:11

20 GEO数据集中组织样本的表达矩阵可以和细胞表达矩阵合并吗？

• 张昱 2020-08-02 07:32

5 请问对于小RNA测序来说，如何分析piRNA呢？我将与rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA，scRNA，miRNA比对之后剩下的序列与piRBase数据库的序列用bowtie比对之后的，接下来该如何做，怎么接着定量呢？没有注释文件，怎么用htseqcount定量呢？求好心人赐教，已经卡了半个月了

• 梁苏东 2020-08-01 14:26

10 GEO便捷转换器转换GEO数据后再行预后分析出错

• GEO分析

• XiaoShi 2020-07-29 12:39

10 TCGA 成熟体miRNA数据（isoform）为什么同一肿瘤内的不同样本的miRNA数目不一样

• TCGA miRNA isoform

• lu sen 2020-06-21 12:30

3 SangerBox里面的WGCNA小工具，为什么我导入后得到的结果里面，表型总是“Random1”和“Random2”，样本信息里的表型根本就没有出现？

• 辛宇 2020-05-30 18:57

5 DESeq2分析转录组学数据原始数据筛选问题

• 转录组数据
• DESeq2

• Diespolen 2020-05-23 20:38

3 GEO下载的FPKM矩阵如何转化成TPM？

• RNA-seq分析

• cccjn 2020-05-12 13:16

3 从http://sangerbox.com/TcgaDown下载的转录组表达矩阵（已转换id），但请问怎么提取miRNA、lncRNA、mRNA？

• cccjn 2020-05-10 20:39

3 请问从http://sangerbox.com/TcgaDown下载的counts数据中，其中tags的命名含有rep这个问题。

• 鱼无穗 2020-03-24 21:50

10 各位大神，我用conda下载了pfam_scan。但是输入命令后显示不能给文件分配内存怎么解？

• lncRNA

• caowei 2020-03-11 22:52

3 便捷ID转换V3的lncRNA的注释文件还是genecode v22版本吗