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1913
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奈何一笑
2019-02-17 22:41
5
TCGA下载工具
0
回答
2042
浏览
Haojun Shi
2019-01-18 01:09
10
有没有熟悉zUMIs这个pipeline的大神,求详细解析
1
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3755
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Haojun Shi
2019-01-18 00:56
10
hisat2+stringtie+ballgown得出的结果出现两个相同基因的FPKM值,如何处理?
测序分析
1
回答
3672
浏览
shuyingfu
2019-01-13 21:32
3
DECenter DESeq2和自己用R中DESEq2跑出来结果不一样
DECenter简便的差异分析工具
1
回答
5211
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神奇小萝卜
2019-01-13 21:32
3
请教一下WGCNA的软阈值问题
WGCNA
1
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6096
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XiaoShi
2019-01-10 10:20
5
TCGA数据移除批次效应
批次效应
1
回答
3576
浏览
小宇仔
2018-12-07 09:44
3
GEO数据meta分析时怎样在每一个数据集中剔除不需要的分组内的样本
GEO分析
Meta分析
1
回答
3571
浏览
小吴吴
2018-11-29 20:58
3
老师,您好,我想再请问一下,tcga的临床资料中,表示患者随访结束后最终生存状态的是那一列?
TCGA
1
回答
5294
浏览
Franchce
2018-11-29 19:27
15
edgeR找差异基因运行出的火山图,热图看不懂啊,求大神指点。
热图
火山图
差异基因表达
1
回答
14665
浏览
小吴吴
2018-11-29 19:00
10
请问差异基因分析的小软件中,出来的结果logFC是log2FC吗?
差异基因分析
1
回答
4950
浏览
cuiying
2018-11-26 10:35
5
请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数,应该用FPKM还是应该用TPM呢?
TPM
FPKM
1
回答
2916
浏览
阿旺
2018-10-25 22:22
3
乳腺癌RNA-seq差异基因分析需要先排除基线(如年龄等)的影响吗?如果需要怎样找到癌旁组织的临床基本信息?谢谢
TCGA
差异分析
1
回答
3801
浏览
茑萝花开
2018-10-22 11:15
3
老师您好,想问下用贵公司盒子下载的TCGA的miRNA数据,如何合并得到read count数据(目前自动合并的是标化后的)?
miRNA
0
回答
2123
浏览
刘智乐
2018-10-22 00:34
3
探针矩阵转化为circRNA矩阵,和这个RAW DATE 究竟要怎么看?
circRNA
1
回答
2625
浏览
奈何一笑
2018-10-19 19:05
5
批量计算生存分析
批量生存分析
1
回答
2752
浏览
LZH
2018-10-11 11:54
10
请问 我下载了TCGA数据,如何对某个特定基因进行分析呢(比如P53)
TCGA
2
回答
15963
浏览
babybanana
2018-09-21 16:27
5
RNA-seq的fpkm数据应该用什么差异分析方法?
3
回答
2899
浏览
phonecy
2018-09-17 21:32
3
不同方式下载的TCGA数据出入较大
数据下载
2
回答
5641
浏览
生信分析流
生信一期
2018-09-17 08:56
10
count数据做差异分析的时候,利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因(FC 1和FDR0.05)对比别人用R包直接编程的总少很多。
差异分析
4
回答
10831
浏览
Jingxin Jiang
2018-09-13 11:28
3
老师你好!我想用tcga mRNA数据估算肿瘤微环境中细胞相对含量,比如通过CIBERSORT、MCPcounter等工具进行转换,输入矩阵用counts,FPKM还是TPM数据啊?
TCGA
CIBERSORT
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