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5 TCGA下载工具

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10 有没有熟悉zUMIs这个pipeline的大神，求详细解析

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10 hisat2+stringtie+ballgown得出的结果出现两个相同基因的FPKM值，如何处理？

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3 DECenter DESeq2和自己用R中DESEq2跑出来结果不一样

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3 请教一下WGCNA的软阈值问题

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5 TCGA数据移除批次效应

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3 GEO数据meta分析时怎样在每一个数据集中剔除不需要的分组内的样本

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3 老师，您好，我想再请问一下，tcga的临床资料中，表示患者随访结束后最终生存状态的是那一列？

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15 edgeR找差异基因运行出的火山图，热图看不懂啊，求大神指点。

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10 请问差异基因分析的小软件中，出来的结果logFC是log2FC吗？

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5 请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数，应该用FPKM还是应该用TPM呢？

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3 乳腺癌RNA-seq差异基因分析需要先排除基线（如年龄等）的影响吗？如果需要怎样找到癌旁组织的临床基本信息？谢谢

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3 老师您好，想问下用贵公司盒子下载的TCGA的miRNA数据，如何合并得到read count数据（目前自动合并的是标化后的）？

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3 探针矩阵转化为circRNA矩阵,和这个RAW DATE 究竟要怎么看？

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5 批量计算生存分析

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  • LZH 2018-10-11 11:54

10 请问 我下载了TCGA数据，如何对某个特定基因进行分析呢（比如P53）

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5 RNA-seq的fpkm数据应该用什么差异分析方法？

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3 不同方式下载的TCGA数据出入较大

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10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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3 老师你好！我想用tcga mRNA数据估算肿瘤微环境中细胞相对含量，比如通过CIBERSORT、MCPcounter等工具进行转换，输入矩阵用counts，FPKM还是TPM数据啊？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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