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基因组学数据分析常用的在线资源

奋斗在人类组学数据分析的一线，要随时跟上最新的研究进展。大型的研究项目会有全面的数据集和可视化工具，也有专门从各个数据源收集数据整合而成的数据库。手头备几个，方便查阅。 Genetic和Epigenetic数据查询与下载 G...

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路

很久没有写稿子了，今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了)，但是我们可以取其精华呀，只要还有值得我们学习的地方，我们就挖掘出来。 摘要部分看完大概知道文章找...

实战系列（三）模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI ：10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给DOI是为什么，如果万一第一次看本公众号的文章，不明白，我稍稍解释一下，通过DOI可以浏览到文献的全文（我们不说下载(#^.^#）桑格助手公众号使用攻略实战前两篇在这...

实战系列（三）模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI ：10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给DOI是为什么，如果万一第一次看本公众号的文章，不明白，我稍稍解释一下，通过DOI可以浏览到文献的全文（我们不说下载(#^.^#）桑格助手公众号使用攻略实战前两篇在这...

文献分享（5）marker识别并分型

乳头状甲状腺癌（PTC）是一种异质性疾病，具有不同的临床结局，因此识别具有临床相关性的生物标志物对其至关重要。今天小编要和大家分享的就是一篇识别PTC中的基因signature的文章【Immune Gene Signature Delineates a Subclass of Papil...

用公共数据库数据不做实验也能发五分以上文章套路

事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻，但是今年oncotarget竟然逆势上涨，小编又不小心关注了一下，刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章，今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。 这篇文章是去年十月份...

2篇五分数据分析文章教你怎么正确的利用CeRNA假说

在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了，他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景，我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA，是一种能够竞争结合RNA的作用元件，通常lncRNA和circRNA会竞争...

基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章，你也可以

好久没有写稿子了，今天分享一篇纯生信文章,发表在scientific reports上，虽说很多人吐槽SR为水刊，个人认为其实人家发表的很多文章还是很值得学习的，比较喜欢直接一点，我们看图说话哈。 看完摘要，大概就清楚了本文用...

TCGA套路文章大全

一是直接找全局miRNA/mRNA表达对 Identifying MicroRNA-mRNA regulatory network in colorectal cancer by a combination of expression profile and bioinformatics analysis  GSE35982,BMC,2012 Identifying microRNA/mRNA dysregulations in ovarian cancer  TCGA,BMC,2012 Clear cell renal cell carc...

菜鸟第一次提取TCGA编码蛋白基因和lncRNA表达谱

本人生物信息菜鸟一枚，第一次自己提取TCGA编码蛋白和lncRNA表达谱。 数据准备及介绍 利用简易TCGA下载工具，下载胶质瘤数据（表达谱数据） 双击所要选择的癌症（默认选择原发癌和癌旁正常组织） 单击重新检索按钮下载...

文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存

基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌（LAC）占非小细胞肺癌的一半以上，它具有高发病率和死亡率。治疗的进展并未对其预后有改善。因此，迫切需要为...

使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法

在早先时候我介绍了CeRNA的一些做法，尤其是怎么构建CeRNA网络和怎么去对网络做剪枝，在视频中都是针对于不需要编程去操作，实际上如果你会R的话，下面介绍的工具会让你事半功倍。 这是一篇上周发表在Bioinfomatics上的文章...

实战系列（四）来自Aging(5分)的免疫微环境研究

这是我们今天要实战的文章，IF 5.515DOI：10.18632/aging.101415这篇文章相对较难一些，不过想要模仿，我们仍有办法。先来看文章。研究背景肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，...

2020年5+生信文章什么样？

话不多说，直奔主题。（看发表时间，很新鲜） 这杂志大家也不陌生，都是老朋友了，生信友好型杂志。 看看文章都干了什么： 1.故事背景 作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队列的胰腺癌预后模型； 通...

如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。 为了方便理解，就简单的...