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生信文章解析（第八篇）胃癌中m6A修饰的减少预示恶性表型以及Wnt/PI3K-Akt信号通路增强

m6A修饰广泛存在于哺乳动物细胞中，是mRNA以及lncRNA中最常见的表观修饰。m6A影响mRNA结构，成熟以及稳定性，从而调节蛋白质表达。然而，目前对m6A在肿瘤发生中的作用，特别是在胃癌（GC）中的作用仍不是十分清楚。今天小编...

文献分享（4）联合抑制PD-L2和TGF-β2可能会提高免疫治疗的效果？

   程序性细胞死亡蛋白-1（programmed death-1，PD-1）及其配体（PD-L1）抑制剂是免疫哨点单抗药物，其应答之广度、深度、和持久性均十分罕见，是近年来肿瘤免疫疗法研究的热点。事实上，除了PD-L1之外，PD-1还有另外一个配体PD-...

胃癌TCGA结合GEO数据建模（机器学习建立疾病诊断模型的方法）

有一阵子没有回社区写东西了O(∩_∩)O，之前在简书上写东西得到了比较不错的反馈，即使理性如我，有良好的反馈时还是会更加积极一些 另一方面也是想为桑格助手拓展新的读者渠道。 最近简书在净网，不让发布内容，但是...

文献解读（8）有助于TNBC的早期诊断的分子标志物有114个？

三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。此外，三阴性乳腺癌具有雌激素受体(ER)、黄体酮受体(PR)和表皮生长因子受体2 (HER2)缺失的特点，这三种受体是基于激素的有效治疗的靶点。TNBC常发生...

基于DNA甲基化特征的乳腺癌异质性分析

今天给大家分享的内容是“基于DNA甲基化特征的乳腺癌异质性分析”。 在介绍工作内容之前，我们先来了解一些背景知识。 20世纪初期，遗传定律和物种起源的研究成果极大的推动了人们对于生命现象的理解，随着认知的...

文献解析（4）这篇研究确定了一个高效的DNA损伤修复相关风险信号作为预测低度胶质瘤预后的指标！

胶质瘤是颅内最常见的恶性肿瘤。标准的治疗方法是手术切除加放疗和化疗。然而，由于DNA损伤修复导致的耐辐射和耐药的出现，限制了治疗效果。同时根据2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类，将分子标志物与组织学特征相结合，...

两篇文章一字之差，影响因子差了三倍，他们都干了啥？（第二篇）

话不多说先上图： 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样，且看： Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis. Prognostic genes of breast cancer r...

文献解读（7）TP53突变这么重要？

标题：Integrated Analysis of TP53 Gene and Pathway Alterations in The Cancer Genome Atlas 杂志：Cell Reports  IF:7.815   日期：2019.09   p53抑癌蛋白是一种转录因子，可抑制细胞分裂或生存以应对各种压力，是细胞抗癌防御的关键安全机制。然而...

TCGA miRNASeq 数据生存分析

第一步，在简易小工具上下载TCGA miRNASeq 和临床数据 1、由于教程中是在FireBrowse ( http://gdac.broadinstitute.org/ )中下载的KIRC（肾透明细胞癌）数据，所以我在这里也下载了KIRC数据。 下载miRNASeq时，将文本下载到一个指定文...

文献解读（4）识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况

点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 The m6A-Related mRNA Signature Predicts the Prognosis of Pancreatic Cancer Patients. 识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况 发表期刊：Mol Ther Oncolytics 发表日期：2020 Apr 29 影响因子...

如何解决生信新手分析时常常遇到的数据问题

点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步   “高通量测序后续分析常见的数据格式”前段时间我们推送了很多小工具教程；点击上方“SangerBox工具使用讲解”获取更多工具讲解从小伙伴们使用情况和私底下小伙伴反馈过来的情...

一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章解析

今天给大家推荐一篇CCR上的文章（17年影响因子10+） 从标题来看做的胃癌亚型临场研究有意义， n 研究背景： 胃癌在全球范围内最常见的癌症中排名第四，死亡率位居世界第三，每年约723,100人死于该疾病。2014年，TCGA...

读了这篇文章，你也能无代码生信分析发四分SCI

TGFβ2 is a prognostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in gastric cancer  TGFβ2表达水平、生物标志物和免疫浸润与胃癌患者预后的关系 发表期刊：J Cell Mol Med.发表日期：2020 Jun 12影响因子：4.65DOI: 10.1111/jcmm.15164 01 — 流...

实战系列（一）手把手复现3分lncRNA经典小文章

DOI ： 10.1080/21691401.2017.136633417年发表的与肺鳞癌预后相关的lncRNA研究，影响因子3.026此篇相对有点早，但是作为一个标准，如果不能完成这样的一个研究，想做近期热点的免疫研究是很难的。大部分没有生信基础的医学工作...

生信文章解析（第六篇）揭示MuBC的分子结构

浸润性导管乳腺癌（IDC）是乳腺癌最常见的组织学类型。纯粘液性乳腺癌（MuBC）是一种特殊的乳腺癌组织学亚型，占所有浸润性乳腺肿瘤的约2％。MuBC的特征在于细胞外粘蛋白的存在，通常表达雌激素（ER）和黄体酮（PgR）受体...