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不同方式下载的TCGA数据出入较大

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分析数据时，相同的基因或者探针需要删除吗？

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RNAseq 用hisat2+featurecounts+DESeq2流程得到count矩阵，先根据ensembl ID转换成gene symbol，出现多个ID对应一个symbol的情况，需要对基因的count值进行合并，请问可以用什么方法，可以提供下代码参考吗？

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V9版本生信下载工具TCGA数据下载中断了怎么办

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10 各位大神，我用conda下载了pfam_scan。但是输入命令后显示不能给文件分配内存怎么解？

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TCGA数据库是不是最全的？

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  • Pham 2018-05-19 02:39

关于批量生存工具的一些改进建议

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您好 ，我用贵平台的简易TCGA下载工具下载TCGA-ESCA(Esophageal Carcinoma-Esophagus)数据进行转录组分析，比对后样本数与文章报道的数目不一致

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同一个人有两个miRNA的表达数据

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3 请问样品相关系数用的基因原始数据，是否要取log2

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TCGA 简易下载工具 V16 没有基因名

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5 miRNA数据合并后有两个文件：miRNA Profiling.isoform.merge.count.txt和miRNA Profiling.isoform.merge.txt，如何选择使用呢？

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3 探针矩阵转化为circRNA矩阵,和这个RAW DATE 究竟要怎么看？

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GEO芯片数据转化器导出样本信息出错

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  • cimi 2019-12-26 11:41

5 TCGA中癌旁组织counts数据没找到匹配癌组织数据

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10 做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq（不同时间段做的），共有3组（空白，模型，药理），发现两次结果的差异基因数差别很大（仅统计mRNA数据），即（mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个，而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000），请问下一步应该怎么办，不知道哪次的结果是正确的，困扰了我大半年了，希望好心人帮助我解决这个难题，不然没法毕业了

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3 从http://sangerbox.com/TcgaDown下载的转录组表达矩阵（已转换id），但请问怎么提取miRNA、lncRNA、mRNA？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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