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请问如何分析TCGA中基因的表达量与临床数据的相关性

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5 批量计算生存分析

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以DECenter 输出的第三个文件做热图问题

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在使用DeCenter时，软件只运行到检验完成，但是后面的差异一直不动,

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3 生信分析时，做表达差异分析基因去重步骤出现R报错

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  • qyz 2018-03-26 02:37

5 v8工具盒里的便捷ID转换器，卡在0%不动

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  • Yao 2019-08-21 18:37

3 miRDeep2预测novel miRNA运行两次结果不同

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igv可以看出input和实验组有明显区别情况下macs2callpeaks没有峰

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5 全血RNA-seq能做免疫浸润吗？

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3 TCGA训练集建立riskscore,取中位数分组，将tcga所得riskscore中位数应用到geo验证集无法分组，该怎么解决？中位数

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5 求问：SCDE包分析单细胞测序基因差异，使用手册中的命令不能重复出来是怎么回事

3 回答

关于TCGA简易下载工具v14下载数据的问题

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关于exon expression的问题

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  • 慧源 生信一期 2018-04-18 16:18

lncRNA一般表达量低于多少时可以认为不表达？

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3 SangerBox里面的WGCNA小工具，为什么我导入后得到的结果里面，表型总是“Random1”和“Random2”，样本信息里的表型根本就没有出现？

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TCGA=matrix(as.numeric(as.matrix(GeneExp)),nrow=nrow(GeneExp),dimnames=list(rownames(GeneExp),colnames(GeneExp))) > TCGA=averegs(TCGA) Error in averegs(TCGA) : 没有"averegs"这个函数 >

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  • LZH 2018-10-11 11:54

10 请问 我下载了TCGA数据，如何对某个特定基因进行分析呢（比如P53）

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用批量生存分析的，所有曲线logrank值都是NA

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TCGA简易下载工具合并文件问题

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请问在线版的sangerbox里现在TCGA数据时只有肿瘤组织没有癌旁组织吗？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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